Nowe podejście do analizy wariantów występujących z niską częstotliwością w Archer Analysis.

Zachęcamy do zapoznania się z najnowszymi informacjami zawartymi w nocie technicznej, które dotyczą zaktualizowanego oprogramowania Archer Analysis i nowego podejścia do analizy wariantów genetycznych występujących z niską częstotliwością. Chcielibyśmy zaprezentować Państwu główne przesłanie tego rozwiązania, problemy i zastosowane narzędzia, które pozwalają sprostać tym kompleksowym analizom.

 

Problem : W danych pozyskanych dzięki sekwencjonowaniu następnej generacji, oprócz informacji które są kluczowe w kontekście przeprowadzanych analiz, znajdują się również informacje typu „szum” (mogą one pojawiać się np. w wyniku uszkodzeń DNA, chemicznych kontaminacji i błędów wprowadzonych podczas sekwencjonowania). W przypadku poszukiwania wariantów genetycznych występujących z niską częstotliwością (np. w próbkach pozyskanych z tkanek nowotworowych lub ctDNA), występowania sygnałów typu „szum” może powodować komplikacje we właściwym rozpoznaniu zmian genetycznych. Krytyczne w takich przypadkach jest ustalenia wartości definiującej limit detekcji (LOD). W sytuacji idealnej, wartość LOD można ustalić posługując się wytycznymi zaprezentowanymi przez Związek dla Patologii Molekularnej (MP). Niestety, zazwyczaj dostęp do takich próbek jest utrudniony i w celu określenia LOD wykorzystuje się wartości średniego pokrycia dla np. całego panelu ukierunkowanego. Takie podejście może jednak spowodować obniżeniem wiarygodności ustalonej czułości dla danej mutacji, w związku z tym że skala generowanego „szumu”  w danych NGS może różnić się w zależności od pozycji w genomie(np. regiony bogate w pary GC) a także rodzaju zmiany.

 

Rozwiązanie : Archer Analysis wykorzystuje metody, które pozwalają na uwzględnianie i redukcję informacji typu „szum”. Oprócz korekcji błędów powstałych podczas amplifikacji i sekwencjonowania (z wykorzystaniem unikalnych sekwencji ligowanych podczas przygotowywania bibliotek), oprogramowanie potrafi określić specyficzny profil „szumu” dla danego panelu i przełożyć to na ustalenie wartości LOD dla każdego wariantu analizowanego w tym panelu. MDAF (Minimum Detectable Allelel Fraction), określa minimalną wartość dla frakcji danego allelu, jaka musi zostać osiągnięta, aby odróżnienie właściwego wariantu od „szumu” nastąpiło ze statystyczną siłą minimum 0,95. Wymogiem, który musi być spełniony w celu poprawnego stosowania MDAF, jest przeprowadzenie sekwencjonowania niewielkiej liczby próbek pozbawionych mutacji, w kontekście których przeprowadzane będą właściwe analizy.

 

Więcej informacji