Nowe podejście do ukierunkowanego sekwencjonowania.

mapt-zoomed-in-2

Zapraszamy do zapoznania się z innowacyjnym protokołem HLS-CATCH, który ukazuje nowe spojrzenie na zagadnienie ukierunkowanego sekwencjonowania DNA.

 

Sekwencjonowanie ukierunkowane kojarzy się zazwyczaj z wykorzystaniem technik wzbogacania lub multipleksowania dużej ilości primerów po to, aby uzyskać informacje o wybranych regionach genomu, jednocześnie eliminując potrzebę jego pełnego sekwencjonowania. Obie metody mają swoje indywidualne zalety oraz wady (chociażby wysokie koszty w przypadku WGS, czy analiza tylko określonych odcinków bez uwzględniania szerszego kontekstu w przypadku paneli celowanych). Obie metody mają również pewną wspólną wadę, a mianowicie ograniczenia w kontekście charakterystyki zmian genetycznych związanych z wariantami strukturalnymi, zmiennością liczby kopii (CNV) czy pseudogenami. Protokół HLS – CATCH powstał między innymi z myślą o tego typu wyzwaniach a także o trudnych i złożonych regionach i genach, gdzie oprócz sekwencji kodujących, bardzo ważne jest poznanie sekwencji flankujących oraz intronowych.

 

Cała idea funkcjonowania tej procedury opiera się na dwóch głównych składowych. Pierwszą składową jest endonukleaza Cas9. Druga składowa to urządzenie SageHLS na którym odbywa 3 etapowy proces. Są to kolejno : izolacja genomowego DNA z komórek, wycięcie pożądanego regionu (maksymalna wielkość do 400kb) poprzez Cas9 oraz specjalnie zaprojektowane cząsteczki RNA wskazujące miejsce przecięcia i ostatecznie selekcja i odseparowanie interesującego nas fragmentu od pozostałości, które nie powinny podlegać analizie. W efekcie końcowym uzyskujemy produkt który bezpośrednio możemy wykorzystać jako materiał wejściowy do przygotowania biblioteki NGS oraz sekwencjonowania.

 

Więcej informacji