Agrogenomika

Duży wybór narzędzi Illumina do szerokiego spektrum aplikacji i gatunków.

agrogenomika
Opis ogólny

Agrogenomika

Agrogenomika to jeden z przykładów praktycznego wykorzystania technologii analizy mikromacierzy i sekwencjonowania następnej generacji. Termin ten dotyczy testów i rozwiązań, które wykorzystywane są przez genetyków i biotechnologów współrealizujących programy udoskonalania hodowli zwierząt i upraw roślin. Po wyniki analiz agrogenomicznych sięgają zarówno ośrodki naukowe jak i komercyjne firmy z obszaru produkcji rolno-spożywczej.

    W ofercie Illumina znajdziecie Państwo urządzenia i zestawy odczynników pozwalających na:

  • genotypowanie roślin i zwierząt
  • sekwencjonowanie DNA i RNA roślin i zwierząt
Specyfikacja techniczna

Genotypowanie klasyczne

Katalog mikromacierzy przeznaczonych do genotypowania obecnie pozwala na pracę z materiałem genetycznym ponad 30 gatunków roślin i zwierząt. Lista organizmów dla których dostępne są rozwiązania mikromacierzowe zwiększa się, bowiem przybywa produktów opracowywanych przez konsorcja zainteresowane doskonaleniem uprawy/hodowli określonych gatunków.

    Badania prowadzone z wykorzystaniem macierzy z grupy BeadChip pozwalają na:

  • identyfikację loci cech ilościowych (QTL)
  • ocenę zmienności liczby kopii długich sekwencji nukleotydowych w genomie (CNV)

Produkty do badań agrogenomicznych z wykorzystaniem klasycznego genotypowania:

CanineHD
DNA Analysis BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-440-1001

CanineHD DNA Analysis BeadChip
Kit

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-440-1002

CanineHD DNA Analysis BeadChip
Kit

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-440-1003

Infinium PorcineSNP60 v2
BeadChip

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-410-2001

Infinium PorcineSNP60 v2
BeadChip

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-410-2002

Infinium PorcineSNP60 v2
BeadChip

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-410-2003

OvineSNP50
DNA Analysis BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-420-1001

OvineSNP50 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-420-1002

OvineSNP50 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-420-1003

BovineSNP50v2.0 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-450-2001

BovineSNP50v2.0 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-450-2002

BovineSNP50v2.0 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-450-2003

Infinium BovineLD v1.1 BeadChip

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-450-1107

Infinium BovineLD v1.1 BeadChip

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-450-1108

Infinium BovineLD v1.1 BeadChip

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-450-1109

BovineHD DNA Analysis BeadChip
Kit

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-450-1002

BovineHD DNA Analysis BeadChip
Kit

Macierze i odczynniki do 96 prób |
WG-450-1003

BovineHD DNA Analysis BeadChip
Kit

Macierze i odczynniki do 384 prób |
WG-450-1004

Infinium BovineLD+ BeadChip
(custom array)

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-450-1013

Infinium® BovineLD+ v1.1
BeadChip (custom)

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-450-1110

Infinium® BovineLD+ v1.1
BeadChip (custom)

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-450-1111

Infinium® BovineLD+ v1.1
BeadChip (custom)

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-450-1112

MaizeSNP50 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-500-1001

MaizeSNP50 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-500-1002

MaizeSNP50 DNA Analysis
BeadChip Kit

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-500-1003

MaizeLD v1.0 DNA Analysis Kit

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-455-1001

MaizeLD v1.0 DNA Analysis Kit

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-455-1002

MaizeLD v1.0 DNA Analysis Kit

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-455-1003

MaizeLD+ v1.0 DNA Analysis Kit
(custom)

Macierze i odczynniki do 48 prób |
WG-455-1011

MaizeLD+ v1.0 DNA Analysis Kit
(custom)

Macierze i odczynniki do 288 prób |
WG-455-1012

MaizeLD+ v1.0 DNA Analysis Kit
(custom)

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-455-1013

Infinium iSelect HD Custom
BeadChip Kit
(custom arrays)

Macierze i odczynniki do 1152 prób |
WG-400-1003

W przypadku gdy produkty katalogowe nie są dobrze dopasowane do potrzeb badawczych istnieje możliwość zaprojektowania i zamówienia mikromacierzy na indywidualne zamówienie klienta.

Sekwencjonowanie RNA i DNA roślin i zwierząt

Technologia sekwencjonowania następnej generacji pozwala analizować materiał genetyczny niezależnie od jego pochodzenia oraz bez względu na dostepność sekwencji referencyjnych dla danego organizmu. Z tego wynika rosnąca popularność analiz NGS wśród genetyków roślin i zwierząt.

      Możliwe zastosowania NGS w agrogenomice to:

    • sekwencjonowanie transktyptomu i porównawcza analiza ekspresji genów
    • genotypowanie przez sekwencjonowanie (metoda GBS)
    • sekwencjonowanie de novo
    • celowane lub całogenomowe resekwencjonowanie
    • badania epigenetyczne w tym sekwencjonowanie krótkich RNA oraz sekwencjonowanie metylomu
        Produkty

 

        do badań agrogenomicznych z wykorzystaniem technologii NGS

 

TruSeq
Stranded mRNA Library Prep Kit

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2101

TruSeq Stranded mRNA Library
Prep Kit

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2102

TruSeq Stranded mRNA Library
Prep Kit

do 96 unikalnych bibliotek |
RS-122-2103

TruSeq Stranded mRNA Library
Prep Kit
for NeoPrep

do 16 unikalnych bibliotek |
NP-202-1001

TruSeq Stranded Total RNA
Library with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat Prep Kit – Set A

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2201

TruSeq Stranded Total RNA
Library with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat Prep Kit – Set B

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2202

TruSeq Stranded Total RNA
Library with Ribo-Zero Human/Mouse/Rat Prep Kit

do 96 unikalnych bibliotek |
RS-122-2203

TruSeq Stranded Total RNA
Library
with Ribo-Zero Gold Prep Kit – Set A

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2301

TruSeq Stranded Total RNA
Library
with Ribo-Zero Gold Prep Kit – Set B

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2302

TruSeq Stranded Total RNA
Library
with Ribo-Zero Gold Prep Kit

do 96 unikalnych bibliotek |
RS-122-2303

ScriptSeq Complete Kit
(Human/Mouse/Rat)

do 6 unikalnych
b
ibliotek | BHMR1206

ScriptSeq Complete Kit
(Human/Mouse/Rat)

do 24 unikalnych
bibliotek |
BHMR1224

ScriptSeq Complete Kit
(Human/Mouse/Rat)
Low Input

do 6 unikalnych
b
ibliotek | SCL6H

ScriptSeq Complete Kit
(Human/Mouse/Rat)
Low Input

do 24 unikalnych bibliotek |
SCL24H

TruSeq Small RNA Library
Preparation Kit
(Indexes 1-12)

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-200-0012

TruSeq Small RNA Library
Preparation Kit
(Indexes 13-24)

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-200-0024

TruSeq Small RNA Library
Preparation Kit
(Indexes 25-36)

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-200-0036

TruSeq Small RNA Library
Preparation Kit
(Indexes 37-48)

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-200-0048

TruSeq Stranded Total RNA with
Ribo-Zero Plant Set A

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2401

TruSeq Stranded Total RNA with
Ribo-Zero Plant Set B

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
RS-122-2402

TruSeq Stranded Total RNA with
Ribo-Zero Plant HT

do 96 unikalnych bibliotek |
RS-122-2403

ScriptSeq Complete Kit (Plant
Leaf) Low Input

do 6 unikalnych bibliotek | SCL6PL

ScriptSeq Complete Kit (Plant
Leaf)

do 6 unikalnych bibliotek | BPL1205

ScriptSeq Complete Kit (Plant
Leaf)

do 24 unikalnych bibliotek | BPL1224

ScriptSeq Complete Kit (Plant
seed/Root)
Low Input

do 6 unikalnych
bibliotek | SCL6SR

ScriptSeq Complete Kit (Plant
seed/Root)

do 6 unikalnych
bibliotek | BSR1206

Nextera DNA Sample Preparation
Kit

do 24 unikalnych
bibliotek | FC-121-1030

Nextera DNA Sample Preparation
Kit

do 96 unikalnych bibliotek |
FC-121-1031

TruSeq DNA PCR-Free Sample
Preparation Kit
Set A

do 2 x 12 unikalnych bibliotek |
FC-121-3001

TruSeq DNA PCR-Free Sample
Preparation Kit
Set B

do 2 x 12 unikalnych bibliotek |
FC-121-3002

TruSeq DNA PCR-Free Sample
Preparation Kit HT

do 24 unikalnych bibliotek |
FC-121-3003

TruSeq ChIP Sample Prep Kit

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
IP-202-1012

TruSeq ChIP Sample Prep Kit

do 4 x 12 unikalnych bibliotek |
IP-202-1024

TruSeq Synthetic Long-Read DNA
Library Prep Kit

do 4 unikalnych bibliotek |
FC-126-1001

Analizy metagenomiczne

Charakterystyka i dynamika zmienności mikrobiomów żyjących w środowisku, w którym prowadzona jest uprawa lub mikrobiomów zasiedlających organizmy zwierząt hodowlanych są zagadnieniami często poruszanymi przez biotechnologów przemysłu rolnego. Zastosowanie znajdują tutaj rozwiązania NGS polecane do badań metagenomicznych.

Produkty do analiz metagenomicznych:

Metagenomic
DNA Isolation Kit for Water

20 prób | MGD08420

Meta-G-Nome™ DNA Isolation
Kit

10 prób | MGN0910

SoilMaster DNA Extraction Kit

50 prób | SM02050

QuickExtract Bacterial DNA
Extraction Kit

5 ml | QEB0905T

Nextera XT Sample Prep Kit

do 24 unikalnych
bibliotek | FC-131-1024

Nextera XT Sample Prep Kit

do 96 unikalnych bibliotek |
FC-131-1096

TruSeq DNA PCR-Free Sample
Preparation Kit
Set A

do 2 x 12 unikalnych bibliotek |
FC-121-3001

TruSeq DNA PCR-Free Sample
Preparation Kit
Set B

do 2 x 12 unikalnych bibliotek |
FC-121-3002

TruSeq DNA PCR-Free Sample
Preparation Kit HT

do 24 unikalnych bibliotek |
FC-121-3003

Dokumenty