Sekwencjonowanie

Sekwenatory Illumina łączące elastyczność pojedynczych odczytów, krótkich i długich insertów odczytów paired-end umożliwiają wykonanie najszerszego spektrum aplikacji genomicznych.

Sekwencjonowanie
Opis ogólny

Sekwenatory Illumina łączące elastyczność pojedynczych odczytów, krótkich i długich insertów oraz odczytów paired-end umożliwiają wykonanie najszerszego spektrum aplikacji genomicznych w zakresie sekwencjonowania DNA, sekwencjonowania RNA oraz analiz regulacji genów.

Technologia sekwencjonowania przez syntezę (SBS) firmy Illumina to najskuteczniejsza i najszerzej stosowana technologia w platformach sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Produkty TruSeq stosowane w masowym równoległym sekwencjonowaniu wykorzystują właściwości metody opartej na odwracalnym terminatorze umożliwiającym detekcję pojedynczego nukleotydu, gdy jest on wbudowywany do rosnących nici DNA. Znakowany fluorescencyjnie terminator jest wykrywany, gdy każdy nukleotyd jest dodawany a następnie cięty by umożliwić przyłączenie następnej zasady. Ze względu na obecność wszystkich czterech nukleotydów z dołączonym odwracalnym terminatorem podczas każdego cyklu sekwencjonowania, naturalna kompetycja minimalizuje błędy wbudowywania. Końcowym efektem jest bardzo dokładne sekwencjonowanie zasada po zasadzie umożliwiające uzyskanie najdokładniejszych danych w szerokim zakresie aplikacji.

    Przykładowe możliwości:

  • sekwencjonowanie całogenomowe
  • resekwencjonowanie celowane
  • sekwencjonowanie de novo
  • sekwencjonowanie amplikonów
  • identyfikacja różnic w poziomie ilości kopii
  • rearanżacje chromosomalne
Specyfikacja techniczna

Resekwencjonowanie celowane (Targeted resequencing)

Resekwencjonowanie celowane izoluje wybrane regiony genomowe w trakcie przygotowywania biblioteki próbki skupiając się na regionie i mutacjach. Izolowanie wybranych regionów genomowych w trakcie resekwencjonowania celowanego umożliwia detekcję powszechnych i rzadkich wariantów w trakcie wysokoprzepustowego sekwencjonowania przy niższym koszcie próbki.

    Illumina oferuje kilka zestawów do resekwencjonowania celowanego w celu zapewnienia różnorodnego zaprojektowania eksperymentu:

  • TruSeq Exome Enrichment Kit
  • Nextera Exome Enrichment Kit
  • TruSeq Custom Enrichment Kit
  • Nextera Custom Enrichment Kit
  • TruSeq Custom Amplicon (TSCA)
  • TruSeq Amplicon – Cancer Panel (TSACP)

Sekwencjonowanie de novo (de novo sequencing)

Unikalne połączenie długości odczytu, głębokości odczytu oraz elastycznego rozmiaru insertów w trybie sparowanych końców czyni sekwenatory Illumina idealnym narzędziem do sekwencjonowania de novo. Systemy charakteryzują się wysoką dokładnością danych pozwalającą na produkcję wysokiej jakości, długich kontigów.

    Odczynniki do sekwencjonowania DNA:

  • TruSeq DNA Sample Prep Kit
  • TruSeq Exome Enrichment Kit
  • TruSeq Custom Enrichment Kit
  • TruSeq Custom Amplicon Kit
  • TruSeq Amplicon – Cancer Panel
  • Nextera Custom Enrichment Kit
  • Nextera Exome Enrichment Kit
  • Nextera DNA Sample Prep Kit
  • Nextera XT DNA Sample Prep Kit
  • Nextera Mate Pair Sample Prep Kit

Sekwencjonowanie RNA

Sekwencjonowanie RNA zrewolucjonizowało badania nad ekspresją genów. Postępy w sposobie sekwencjonowania od przygotowania próbek do analizy danych umożliwiły szybkie profilowanie i głębokie badanie transkryptomu. Dzięki najwyższej przepustowości spośród wszystkich dostępnych systemów do sekwencjonowania, sekwenatory Illumina pozwalają na uzyskanie profilu transkrypcyjnego w ciągu jednego dnia. Odczyty sekwencjonowania RNA mogą być przyrównywane wzdłuż połączeń splicingowych w celu identyfikacji izoform i fuzji genów. Identyfikacja i ilościowe oznaczenie zarówno rzadkich, jak i powszechnych transkryptów mogą być wykonywane w zakresie dynamicznym sześciu rzędów wielkości. Informacje nt. nici uzyskiwane są z wysoką precyzją dla szerokiego spektrum próbek w tym próbek o niskiej jakości i FFPE.

    Odczynniki do sekwencjonowania RNA:

  • TruSeq Stranded Total RNA Sample Prep Kits
  • TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kits
  • TruSeq RNA Sample Prep Kits
  • TruSeq Small RNA Sample Prep Kit

Analiza regulacji genów

Z ponad 500 publikacjami, immunoprecypitacja chromatyny stała się jedną z bardziej wszechstronnych i częściej używanych aplikacji sekwencjonowania następnej generacji. Niezależnie od aplikacji – metylacja CpG, modyfikacja histonów, struktura chromatyny, interakcje DNA-białko, sekwenatory Illumina dają najprostszy i najpełniejszy obraz mechanizmów regulujących geny.

Dokumenty