Serwis NGS

Usługa sekwencjonowania następnej generacji wykonywana przez europejski serwis sekwencjonowania z wykorzystaniem systemów Illumina – HiSeq2000 oraz HiSeq2500.

Serwis NGS
Opis ogólny

Firma OpenExome wychodząc naprzeciw potrzeb klientów, uruchomiła serwis NGS, gdzie możliwe jest zlecenie wykonania projektu od przygotowania próbki do analizy bioinformatycznej. Oferujemy pełny zakres aplikacji, pomoc merytoryczną w zaprojektowaniu reakcji, odebranie próbek i dostarczenie gotowych wyników. Gwarantujemy wykonania projektu do 6 tygodni od przesłania próbek. Przy wykonaniu projektów współpracujemy z wiodącymi serwisami usług genomicznych w Europie w tym z firmą AROS Applied Biotechnology.

Specyfikacja techniczna

W ramach serwisu sekwencjonowania next generation oferujemy:

Projektowanie eksperymentu

Sekwencjonowanie to wszechstronna metoda biologii molekularnej. Sekwencjonowanie następnej generacji (drugiej generacji lub NGS) pozwala na łączenie i dostosowywanie parametrów eksperymentu w wielu obszarach. Z jednej strony sprawia to, że metoda jest bardzo elastyczna i możliwa do zastosowania w wielu doświadczeniach, z drugiej jednak wymusza położenie dużego nacisku na etap projektowania eksperymentu.

Firma OpenExome współpracując z europejskimi partnerami, kładzie nacisk na zaproponowanie rozwiązań dostosowanych do indywidualnych potrzeb klienta oraz jego możliwości finansowych, nie na konkretne platformy technologiczne. W trakcie etapu projektowania staramy się zaprezentować różne podejścia do realizacji projektu, ich wady i zalety, aby wspólnie wybrać najlepsze rozwiązanie.

Sekwencjonowanie DNA (DNA-seq / de novo seq / whole genome-seq / WGS)

OpenExome oferuje pełny zakres sekwencjonowania DNA w technologii next generation. Od sekwencjonowania całogenomowego de novo do celowanego resekwencjonowania z użyciem gotowych paneli (np. egzom) lub zaprojektowanych paneli na potrzeby projektu.

W sekwencjonowaniu całogenomowym czynnikiem cenotwórczym jest pokrycie, zaś w celowanym resekencjonowaniu tym czynnikiem jest przygotowanie biblioteki. W zależności od potrzeb, znajdziemy rozwiązanie, które będzie odpowiednie dla celu eksperymentu oraz jegobudżetu. Możliwych jest wiele rozwiązań – gotowe lub projektowane panele, odpowiednie pulowanie próbek, wstępne przesianie z użyciem technologii sekwencjonowania i adaptacja innych metod takich jak mikromacierze lub PCR.

Sekwencjonowanie egzomu (whole exome-seq / WES)

Usługa obejmuje celowane wzbogacenie próbki pod kątem sekwencji egzomu (enrichment), amplifikację oraz sekwencjonowanie z użyciem systemu HiSeq2000/2500. Krytycznym elementem jest dobranie właściwego zestawu do wzbogacenia próbki oraz kontrola próbki na każdym etapie procedury pod kątem jej ilości i jakości. Nasz partner opracował i wdrożył niezwykle precyzyjną procedurę sprawdzania ilości wszystkich bibliotek przed etapem tworzenia klastrów oraz sekwencjonowania. Zapewnia ona właściwe przewidywanie ilościklastrów, a dzięki temu maksymalizację wydajności systemu HiSeq, a co za tym idzie uzyskiwanie poprawnych wyników przy maksymalnym poziomie multipleksowania próbek.

Sekwencjonowanie RNA (RNA-seq)

Oferujemy pełny zakres sekwencjonowania RNA – sekwencjonowanie całotransktyptomowe (whole transcriptome sequencing), digital gene expression oraz sekwencjonowanie małego RNA (small RNA sequencing).

Sekwencjonowanie RNA umożliwia badania od kilku milionów odczytów do określania różnic w poziomie ekspresji do setek milionów odczytówwykorzystywanych w identyfikacji wariantów splicingu lub charakterystyki całych transkryptomów. W sekwencjonowaniu RNA możliwe jest rozpoczęcie badań od milionów odczytów w celu określenia najbardziej interesujących próbek, a następnie dodawanie odczytów z tej samej biblioteki aż do osiągnięcia pożądanej rozdzielczości do badań alternatywnego splicingu.

OpenExome oferuje wsparcie w zakresie właściwego doboru ilości oraz długości odczytów odpowiedniego dla konkretnego projektu sekwencjonowania.

Analiza bioinformatycza wyników sekwencjonowania next generation

Do uzyskanych wyników sekwencjonowania OpenExome oferuje dodatkowo możliwość analizy bioinformatycznej w dwóch opcjach. Opcja podstawowa obejmuje analizę obrazów, określenie par zasad, dane dotyczące jakości reakcji oraz złożenie sekwencji. Dla większości aplikacji opcja podstawowa może być wzbogacona o dane specyficzne dla poszczególnych aplikacji aby zapewnić, iż jakość otrzymanych wyników jest akceptowalna. Opcja zaawansowana analizy bioinformatycznej jest ustalana indywidualnie w zależności od potrzeb wynikających z aplikacji i celu eksperymentu.

Dokumenty