Systemy Pippin DNA

Automatyczne systemy selekcji określonych długości fragmentów DNA. Wprowadź żądany zakres rozmiaru DNA do oprogramowania, a zostanie on automatycznie wyizolowany z agarozy i zebrany do buforu.

Systemy Pippin DNA
Opis ogólny

Systemy Pippin DNA

Systemy Pippin DNA to urządzenia rozdzielające DNA wykorzystujące elektroforezę agarozową a następnie eluujące frakcje DNA zgodnie z zadanym przez użytkownika zakresem długości fragmentów. Systemy eliminują pracę niezbędną do ręcznego przygotowywania żeli i pozwalają na uzyskiwanie wyższej jakości próbek do aplikacji sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Systemy składają się z gotowych kaset żelowych oraz aparatu łączącego elektroforezę z detekcją DNA opartą na fluorescencji. Podczas działania, oprogramowanie wykorzystuje system optyczny oraz marker wielkości DNA do określenia właściwego czasu ekstrakcji z agarozy zadanego zakresu wielkości fragmentów. Ekstrakcja przebiega poprzez przełączenie ścieżki elektroforezy do kanału, który zbiera eluowana frakcję do komory wypełnionej buforem. Frakcje DNA są pobierane z użyciem standardowej pipety laboratoryjnej.

Rodzina urządzeń Pippin DNA obejmuje urządzenia: Pippin Prep, Blue Pippin oraz PippinHT, które różnią się między sobą przepustowością zakresem długości fragmentów DNA, które mogą być efektywnie rozdzielane w specyficznych kasetach żelowych i pozyskiwane w ich modułach elucyjnych.

Specyfikacja techniczna

W zależności od wielkości rozdzielanych fragmentów dostępne są dwa systemy Pippin DNA:

1) Pippin Prep

Pippin Prep to platforma do preparatywnej elektroforezy rozdzielająca i ekstrahująca fragmenty DNA z agarozy. Wykorzystując gotowe, jednorazowe kasety żelowe, DNA jest automatycznie zbierane w buforze zgodnie z określonym w oprogramowaniu zakresem długości.

Procedura wymaga jedynie 1-2 minut pracy ręcznej na 1 próbkę, a dostępne kasety żelowe pozwalają na ekstrakcję fragmentów w zakresie 50bp – 1,5kb. Typowy czas rozdziału (4 próbki na 1 reakcję) wynosi od 50 do 100 minut.

System Pippin Prep składa się z aparatu do elektroforezy z wbudowaną jednostką sterującą oraz monitora, klawiatury i myszki.

    Dostępne kasety żelowe (agaroza):

  • 3,0% – 90-250bp
  • 2,0% – 100-600bp
  • 1,5% – 250-1500bp
  • 0,75% – 2-8kb
    Parametry techniczne:

  • napięcie elektroforezy: 100V lub 150V, stałe
  • typowe natężenie na ścieżkę: 2mA lub 3mA
  • detekcja optyczna: wzbudzenie – 530nm, emisja – 640nm
  • prąd: 100-240V, 2,5A, 50-60Hz
  • ciężar: 7kg
  • wymiary: 18x28x53cm

2) BluePippin

BluePippin to platforma do preparatywnej elektroforezy rozdzielającej i ekstahującej DNA oraz białka z agarozy. Wykorzystując gotowe, jednorazowe kasety żelowe, DNA lub białko jest automatycznie zbierane w buforze zgodnie z określonym w oprogramowaniu zakresem długości. System BluePippin jest przystosowany również do przeprowadzania elektroforezy pulsacyjnej umożliwiając precyzyjne zbieranie DNA wielkości kb.

Dostępne kasety żelowe umożliwiają rozdział DNA w zakresie 50bp-50kb oraz białka w zakresie 25-80kDa.

System Pippin Prep składa się z aparatu do elektroforezy z wbudowaną jednostką sterującą oraz monitora, klawiatury i myszki.

    Dostępne kasety żelowe (agaroza):

  • 3,0% – 90-250bp
  • 2,0% – 100-600bp
  • 1,5% – 250-1500bp
  • 0,75% – 1-50kb
    Parametry techniczne:

  • napięcie elektroforezy: 25V, 100V lub 150V, stałe oraz 100V pulsacyjne
  • detekcja optyczna: wzbudzenie – 470nm, emisja – 525nm
  • prąd: 100-240V, 2,5A, 50-60Hz
  • ciężar: 7kg
  • wymiary: 18x28x53cm

3) PippinHT – zapowiedź *

Pippin HT to system elektroforetyczny adresowany do tych użytkowników sekwenatorów, którzy prowadzą analizy wysokoprzepustowe i przygotowują wiele bibliotek do sekwencjonowania podczas jednego doświadczenia. PippinHT umożliwia sprawne pozyskanie zadanych frakcji DNA z nawet 24 próbek w ciągu około 90 minut. Zależnie od potrzeb użytkownika aparat PippinHT może prowadzić elektroforezę z jednej lub dwóch kasetach żelowych (każda pozwala na nałożenie do 12 prób DNA).

Dzięki specjalnej konstrukcji kaset żelowych, podobnie jak w urządzeniach Pippin Prep i Blue Pippin omijany jest etap wycinania bloczku żelu agarozowego i procedury gel-out.

*) urządzenie będzie dostępne komercyjnie od grudnia 2014

    Główne aplikacje systemów Pippin:

  • przygotowywanie bibliotek do sekwencjonowania w trybie sparowanych końców (paired-end)
  • przygotowywanie matryc do amplifikacji klonalnej DNA z użyciem kulek
  • przygotowywanie bibliotek do immunoprecypitacji chromatyny (ChIP-seq)
  • izolowanie bibliotek miRNA z dimerów adaptorów oraz większych fragmentów cDNA
    Główne zalety systemów Pippin:

  • oszczędność czasu w porównaniu do metod manualnych
  • wąskadystrybucja fragmentów
  • minimalne ryzyko kontaminacji niskocząsteczkowym DNA – brak straconych odczytów i niepewnych odczytów „indel”
  • indywidualne ścieżki umożliwiają multipleksowanie bez ryzyka cross-kontaminacji
  • powtarzalne ekstrakcje
  • automatyczne zbieranie prążków PCR lub fragmentów po restrykcji
Dokumenty