Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości www.openexome.pl
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Szanowni Państwo!
Z uwagi na przełomowe produkty, które koncern Illumina zaproponował swoim klientom w pierwszych tygodniach 2014 roku zdecydowaliśmy się przygotować wydanie specjalne newslettera. Przedstawiamy w nim Państwu informacje na temat przyjaznego użytkownikowi i uniwersalnego z punktu widzenia zastosowań sekwenatora NextSeq 500. Opisujemy także system HiSeq X Ten, czyli platformę NGS o niespotykanej dotąd przepustowości, która pozwala prowadzić szeroko zakrojone badania populacyjne i daje możliwość obniżenia kosztów sekwencjonowania pojedynczego genomu ludzkiego do poziomu 1 000 USD.
Produkty
- ważne informacje
NeqSeq500
HiSeqX Ten
Sequencing platform
comparison tool
Fakty i wydarzenia
Warsztaty MiSeq:
Making Sense of My Data
Seminaria on-line w lutym
Kalendarium konferencji
Tradycyjnie w drugiej części newslettera umieszczamy kalendarium wydarzeń związanych tematycznie z genetyką, biologią molekularną i biologią komórki. Obok informacji o międzynarodowych kongresach i lokalnych konferencjach znajdziecie Państwo zaproszenia na bezpłatne seminaria on-line Illumina, a także na dwudniowy kurs praktyczny stanowiący wprowadzenie do sekwencjonowania w technologii SBS z wykorzystaniem aparatu MiSeq.
Życzymy Państwu przyjemnej lektury,
Zespół OpenExome
Nowe systemy do sekwencjonowania w ofercie Illumina
NextSeq 500 - intuicyjna obsługa sekwenatora, skalowalna wydajność reakcji i szeroka gama aplikacji NGS
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości NextSeq 500 to pierwszy personalny sekwenator o dużej przepustowości. Pozwala na sekwencjonowanie genomów, egzomów i transktyptomów z wydajnością nawet do 120Gb w pojedynczej reakcji. Nieskomplikowany w obsłudze NextSeq 500 zapewnia szybkość wykonania analizy oraz dostępność kosztową porównywalną z dotychczas dostępnymi personalnymi systemami NGS. System NextSeq 500 umożliwia wykonanie wszystkich aplikacji NGS, w tym sekwencjonowania egzomów, genomów oraz transkryptomów w pojedynczej reakcji. Aparat nie wymaga specjalistycznego sprzętu dodatkowego. NextSeq 500 to system umożliwiający wykonywanie wysoko- i niskoprzepustowych aplikacji w laboratorium nie posiadającym dużego doświadczenia w sekwencjonowaniu. NextSeq 500 to pierwszy i jedyny sekwenator DNA i RNA pozwalający na analizę aplikacji wysokoprzepustowych gwarantujący łatwość i intuicyjność obsługi analogiczną jak w przypadku sekwenatorów personalnych.
Oprogramowanie sterujące działaniem NextSeq 500 jest w pełni zintegrowane z aplikacjami dedykowanymi do projektowania doświadczeń, przechowywania danych czy też obróbki wyników uzyskanych podczas reakcji sekwencjonowania. Więcej informacji na temat oprogramowania znajduje się tutaj. Szczegółowy opis NextSeq 500 zawiera broszura.
HiSeq X Ten – niezrównana moc sekwencjonowania populacyjnego i ekstremalna wydajność
System HiSeq X Ten to najpotężniejsza platforma NGS jaka kiedykolwiek powstała, pozwalająca na sekwencjonowanie wielkoskalowe. Zaprojektowano ją z myślą o sekwencjonowaniu ludzkich genomów w skali populacyjnej i zamiarem obniżenia kosztów badań poniżej 1 000 USD za 1 genom. Platforma składa się z 10 ultrawydajnych sekwenatorów HiSeq X, które pozwalają łącznie sekwencjonować ponad 18 tysięcy genomów rocznie z pokryciem sekwencji nie mniejszym niż 30x.
HiSeq X Ten wydaje się być idealnym rozwiązaniem dla centrów genomowych oraz laboratoriów pracujących w dziedzinie genetyki populacyjnej. Szczegółowe informacje na temat HiSeq X Ten opisano w broszurze.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Porównanie parametrów technicznych oraz możliwych zastosowań systemów NGS firmy Illumina
Zachęcamy do przyjrzenia się zestawieniu kluczowych parametrów sekwenatorów następnej generacji , które oferuje koncern Illumina. W doborze właściwego systemu NGS do planowanego projektu badawczego lub testu diagnostycznego pomocna będzie również aplikacja pozwalająca na szczegółowe porównanie właściwości platform NGS, która znajduje się tutaj.
  MiSeq NextSeq 500 HiSeq 2500 HiSeq X
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
polecany do sekwencjonowania małych genomów, amplikonów, z wykorzystaniem paneli genowych m. in. genomów, egzomów, transkryptomów genomów, egzomów, transktyptomów na skalę usługową genomów, egzomów, transktyptomów w skali populacyjnej
tryb pracy n/d Mid-Output High-Output Rapid Run High-Output n/d
liczba komórek przepływowych na pojedynczą reakcję 1 1 1 1 lub 2 1 lub 2 1 lub 2
zakres przepustowości 0,3-15
Gb
20-39
Gb
30-120
Gb
10-180
Gb
50-1000
Gb
1,6–1,8
Tb
czas trwania reakcji 5–65
godz.
15-26
godz.
12-30
godz.
7-40
godz.
< 1-6
dni
< 3
dni
liczba odczytów w jednej komórce przepływowej 25
milionów
130
milionów
400
milionów
300
milionów
3
miliardy
3
miliardy
maksymalna długość odczytu 2x300
bp
2x150
bp
2x150
bp
2x150
bp
2x125
bp
2x150
bp
Przypominamy o terminach zbliżających się ...
... praktycznych dwudniowych szkoleń prowadzonych w Cambridge
Istnieje możliwość uczestniczenia w odpłatnych szkoleniach praktycznych prowadzonych przez trenerów z firmy Illumina. W najbliższym czasie planowane są dwie edycje kursu "MiSeq: Making Sense of My Data", do wyboru terminy: 11-12 lutego 2014 lub 14-15 maja 2014.
Obok wprowadzenia teoretycznego obejmującego postawy technologii sekwencjonowania przez syntezę (SBS), zasadę działania sekwenatora, reguły planowania doświadczeń pod konkretne aplikacje oraz pierwotną analizę uzyskanych wyników, uczestnicy szkolenia wykonują praktyczne ćwiczenia z wykorzystaniem systemu MiSeq.
Zachęcamy do wzięcia udziału w szkoleniu. Program szkolenia i rejestracja uczestników.
... seminariów on-line (tzw. webinars) prowadzonych przez specjalistów aplikacyjnych firmy Illumina:
Illumina prowadzi szkolenia on-line dotyczące prowadzenia badań z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania następnej generacji oraz mikromacierzy.
W lutym zespół specjalistów aplikacyjnych Illumina proponuje następujące zagadnienia:
• strategia doświadczeń typu multipleks i dobór kombinacji indeksów na potrzeby pulowania bibliotek
• właściwe planowanie eksperymentu oraz ustawień parametrów reakcji sekwencjonowania - omówienie aplikacji Illumina Experiment Manager (IEM)
• ocena przebiegu i jakości reakcji sekwencjonowania z wykorzystaniem Sequence Analysis Viewer (SAV)
• wprowadzenie do analizy danych uzyskanych w wyniku reakcji NGS
• Infinium Methylation Analysis - narzędzie do badania procesów epigenetycznych
Uczestnictwo w seminariach (webinarach) Illumina wymaga dostępu do internetu oraz aktywnego połączenia telefonicznego (połączenie bezpłatne). Aby wziąć udział w danym seminarium należy dokonać uprzedniej rejestracji drogą elektroniczną. Kompletną listę lutowych seminariów oraz linki rejestracyjne znajdziecie Państwo na stronach Illumina:
http://support.illumina.com/training/sequencing.ilmn
http://support.illumina.com/training/array.ilmn
... konferencji i sympozjów w Polsce:
CrimeLab – III Międzynarodowe Targi Techniki Kryminalistycznej
12-14.03.2014. Warszawa
link
IX Multidyscyplinarna Konferencja Nauki o Leku
12-14.05.2014. Korytnica k/Szydłowa, Hotel Cztery Wiatry
link
... konferencji zagranicznych:
Advances in Genome Biology and Technology (AGBT)
12-15.02.2014. Marco Island, Floryda, USA
link
Omics meets Cell Biology: Applications to human Health and Disease
18-23.02.2014. Taos, New Mexico, USA
link
Mobile Genetic Elements and Genome Evolution
9-14.03.2014. Santa Fe, New Mexico, USA
link
Big Data in Biology
23-25.03.2014. San Francisco, California, USA
link
Epigenetic Programming and Inheritance
6-10.04.2014. Taos, Boston, Massachusetts, USA
link
Komentarze i opinie czytelników newslettera
Drodzy Czytelnicy! Będziemy wdzięczni jeśli zechcecie podzielić się z nami swoimi opiniami dotyczącymi newslettera OpenExome. Jeśli nasuwają się Państwu komentarze na temat treści kolejnych wydań newslettera lub sugestie tematów, które warto poruszyć w tym periodyku, prosimy o przesyłanie ich na adres: community@openexome.pl.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
OpenExome s.c. | ul. Schroegera 82 | 01-828 Warszawa | (+48) 22 465 25 27 | community@openexome.pl