Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości www.openexome.pl
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomościOdczynniki Epicentre z 25% upustem!
Szanowni Państwo!
Kwiecień i maj obfitują w liczne okazje do świętowania oraz zapowiadają coraz lepszą pogodę poprawiając tym samym nastrój nawet największym malkontentom. Chcielibyśmy wpisać się w ten wiosenny trend i dać naszym czytelnikom dodatkowy powód do zadowolenia. Z ogromną radością publikujemy przegląd literaturowy, z którego wynika, że techniki sekwencjonowania następnej generacji i analizy mikromacierzy to narzędzia które pracują doskonale także w polskich laboratoriach. W pierwszej części newslettera sygnalizujemy godne uwagi artykuły autorstwa naszych rodaków.
W kolejnym dziale newslettera informujemy o najnowszych produktach i rozwiązaniach proponowanych przez partnerów OpenExome, a także aktualizacjach oprogramowania systemów MiSeq, Pippin Prep oraz Blue Pippin.
Z uwagi na fakt, że najbliższe tygodnie obfitują w seminaria i konferencje poświęcone wykorzystaniu zdobyczy biologii molekularnej w rozmaitych dziedzinach takich jak diagnostyka prenatalna czy kryminalistyka, szczególnie gorąco zapraszamy do przejrzenia kalendarium wydarzeń umieszczonego się w ostatnim dziale periodyku.
Życzymy miłej lektury, czekając jednocześnie na Państwa komentarze i sugestie na temat treści kolejnych wydań naszego biuletynu.
Zespół OpenExome
Ciekawe publikacje autorstwa polskich badaczy
Sekwencjonowanie następnej generacji
Produkty
- ważne informacje
VeriSeq, PGS, PGD oraz NIPT - genetyka w medycynie reprodukcyjnej
Multipleksowanie do 384 bibliotek przygotowywanych zestawem Nextera XT
Illumina - Custom Protocol Selector
Epicentre – promocja na zestawy MasterPure i FailSafe
Fluidigm – System C1
Aktualizacje oprogramowania
Sekwenator MiSeq
Aparat Pippin Prep i Blue Pippin
Polecamy Państwu lekturę zamieszczonego w Nature Genetics artykułu autorstwa międzynarodowego zespołu naukowców, w którego przygotowanie ogromny udział mieli pracownicy Katedry Biologii i Botaniki Farmaceutycznej Akademii Medycznej w Gdańsku. Praca opisuje proces poszukiwanie przyczyn schwannomatosis, choroby genetycznej zaliczanej do nerwiakowłókniakowatości i wiążącej się z występowaniem u pacjentów licznych guzów wywodzących się z komórek Schwanna nerwów obwodowych. Dr hab. Arkadiusz Piotrowski i współpracownicy zidentyfikowali gen LZTR1, którego uszkodzenie predysponuje do rozwoju schwannomatosis. W ramach projektu prowadzono między innymi resekwencjonowanie chromosomu 22 u objętych projektem grupy pacjentów oraz złożoną obróbkę bioinformatyczną uzyskanych wyników. Odkrycie opisane w cytowanym artykule otwiera możliwości do pełniejszego opisu etiologii tej choroby, skutecznych technik jej diagnozowania a także daje nadzieję na opracowanie skutecznej terapii farmakologicznej.
"Germline loss-of-function mutations in LZTR1 predispose to an inherited disorder of multiple schwannomas" Piotrowski A, Xie J, Liu YF, Poplawski AB, Gomes AR, Madanecki P, Fu C, Crowley MR, Crossman DK, Armstrong L, Babovic-Vuksanovic D, Bergner A, Blakeley JO, Blumenthal AL, Daniels MS, Feit H, Gardner K, Hurst S, Kobelka C, Lee C, Nagy R, Rauen KA, Slopis JM, Suwannarat P, Westman JA, Zanko A, Korf BR, Messiaen LM.
O wykorzystaniu zaawansowanych technik biologii molekularnych takich jak multicolor FISH, macierze FT-CGH czy NGS do poszukiwania genetycznego podłoża patogenezy białaczki dużych ziarnistych limfocytów (T-LGL) możemy przeczytać w artykule autorstwa zespołu kierowanego przez prof. dr hab. Grzegorza Przybylskiego. Publikacja wyników uzyskanych w Zakładzie Patologii Molekularnej Instytutu Genetyki Człowieka PAN w Poznaniu ukazała się w marcu tego roku na łamach czasopisma European Journal of Hematology.
"Submicroscopic genomic rearrangements change gene expression in T-cell large granular lymphocyte leukemia" Iżykowska K, Zawada M, Nowicka K, Grabarczyk P, Kuss AW, Weissmann R, Busemann C, Ludwig WD, Schmidt CA, Przybylski GK.
Źródło: Pubmed – PMID: 24649974
Podłoże genetyczne chorób człowieka czy diagnostyka medyczna to nie jedyne obszary zastosowania zaawansowanych technik molekularnych. Obserwujemy, że coraz częściej po możliwości jakie daje sekwencjonowanie następnej generacji sięgają polscy mikrobiolodzy. Posłużymy się tu przykładem projektu koordynowanego przez badaczy z zespołu profesora Stanisława Bieleckiego z Instytutu Biochemii Technicznej Politechniki Łódzkiej. Grupa ta w celu lepszego poznania procesu biosyntezy nanocelulozy przez szczep E25 bakterii Gluconacetobacter xylinus zdecydowała się na sekwencjonowanie całego jej genomu. Szczegółowa analiza danych umożliwi badaczom zrozumienie mechanizmów molekularnych sterujących biosyntezą bakteryjnego biopolimeru i w przyszłości być może opracować protokoły wydajnej produkcji bakteryjnej nanocelulozy, o kontrolowanej strukturze. Warto dodać, że nanoceluloza to obiecujący biomateriał dla transplantologii i kosmetologii. Zachęcamy do przeczytania pracy dostępnej na łamach kwietniowego wydania Journal of Biotechnology.
"Complete genome sequence of Gluconacetobacter xylinus E25 strain-Valuable and effective producer of bacterial nanocellulose" Kubiak K, Kurzawa M, Jędrzejczak-Krzepkowska M, Ludwicka K, Krawczyk M, Migdalski A, Kacprzak MM, Loska D, Krystynowicz A, Bielecki S.
Źródło: Pubmed – PMID: 24556328
Mikromacierze
Kierowany przez prof. dr hab. Stanisława Kamińskiego zespół Zakładu Genetyki Zwierząt UWM w Olsztynie od lat zgłębia genetyczne i genomiczne metody doskonalenia zwierząt użytkowych. Przed kilkoma dniami na łamach czasopisma Animal Reproduction Science olsztyńscy badacze opublikował pracę podsumowującą badania prowadzone na materiale genetycznym buhajów rasy Holsztyńsko-Fryzyjskiej mające na celu identyfikację markerów związanych z niską ruchliwością nasienia, cechą niepożądaną z punktu widzenia hodowców bydła. Stosując mikromacierze o wysokiej gęstości markerów analizowano genomy populacji buhajów z grup badanej i kontrolnej. Na postawie uzyskanych wyników autorzy pracy potwierdzili wcześniejsze obserwacje innych zespołów wykazując szereg SNP mogących wpływać na niską ruchliwość nasienia. Dodatkowo zidentyfikowali oni pięć genów kandydatów dotychczas nie wiązanych z tą niekorzystną cechą.
"Genome-wide association study for poor sperm motility in Holstein-Friesian bulls" Hering DM, Olenski K, Kaminski S.
Źródło: Pubmed – PMID: 24612955
Jednym z godnych odnotowania artykułów jest publikacja pracowników Instytutu Zootechniki PIB w Balicach poświęcona zmianom genetycznym obserwowanym w stanach chorobowych psów. Zespół Samodzielnej Pracowni Genomiki na postawie wyników uzyskanych z analizy wysokiej gęstości mikromacierzy wskazał szereg zmian typu CNV, które obserwowano u psów różnych ras, u których zdiagnozowano zmiany nowotworowe. Artykuł opublikowano w lutym b.r. w piśmie Journal of Applied Genetics. Ten sam zespół w grudniu ubiegłego roku w pracy zamieszczonej w Molecular Biology Reports podsumował wyniki projektu mającego na celu wykorzystanie markerów SNP do opisywania i weryfikacji rodowodów zwierząt użytkowych. W ramach tego projektu Samodzielna Pracownia Genomiki korzystała z mikromacierzy SNP dedykowanych do pracy z materiałem genetycznym izolowanym od bydła domowego.
"General assessment of copy number variation in normal and tumor tissues of the domestic dog (Canis lupus familiaris)" Gurgul A, Zukowski K, Slaska B, Semik E, Pawlina K, Ząbek T, Jasielczuk I, Bugno-Poniewierska M.
"The evaluation of the usefulness of pedigree verification-dedicated SNPs for breed assignment in three polish cattle populations" Gurgul A1, Rubiś D, Ząbek T, Zukowski K, Pawlina K, Semik E, Bugno-Poniewierska M.
Źródło: Pubmed – PMID: 24573641, 24057257
Dla opisania na modelu mysim procesów związanych z wpływem chronicznego podawania antydepresantów na ekspresję genów w hipokampie, badacze z Zakładu Biologii Molekularnej oraz Zakładu Zachowania się Zwierząt Instytutu Genetyki i Hodowli Zwierząt PAN posłużyli się macierzami ekspresyjnymi. Badacze obserwowali różny poziom ekspresji określonej puli genów u zwierząt poddawanych działaniu dezypraminy niż u zwierząt kontrolnych. Zauważono jednak, że skuteczność terapii lekiem antydepresyjnym zależała także od profilu genetycznego warunkującego danego osobnika na stres. Osoby zainteresowane szczegółami tych badań zachęcamy do sięgnięcia po listopadowe wydanie pisma BMC Neuroscience.
"Stress susceptibility-specific phenotype associated with different hippocampal transcriptomic responses to chronic tricyclic antidepressant treatment in mice" Lisowski P, Juszczak GR, Goscik J, Stankiewicz AM, Wieczorek M, Zwierzchowski L, Swiergiel AH.
Źródło: Pubmed – PMID: 24225037
Informacje od partnerów OpenExome
Illumina
VeriSeq PGS oraz NIPT - nowatorskie zastosowania NGS w medycynie reprodukcyjnej
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Zespół R&D firmy BlueGnome, włączonej niedawno do koncernu Illumina wykorzystując zdobycze technologiczne oraz doświadczenie w stosowaniu metod analizy mikromacierzy i NGS w projektach badawczych, opracował rozwiązania dedykowane klinikom specjalizującym się w medycynie reprodukcyjnej. Oferta adresowana do placówek medycznych stosujących techniki wspomagania rozrodu takie jak IVF i uwzględnia analizy typu PGS, PGD i NIPT.
Przedimplantacyjne przesiewowe badanie genetyczne zarodków (PGS) pozwala na wybór do implantacji takiego zarodka/takich zarodków, które mają prawidłową liczbę chromosomów. Dotychczas wykorzystywano w tym celu mikromacierze 24Sure i system SurePlex DNA Amplification System pozwalające na screening chromosomów z pojedynczej komórki pobranej z zarodka w 3. lub 5. dniu po zapłodnieniu lub w przypadku diagnostyki przedzarodkowej i analizy materiału genetycznego pochodzenia matczynego – chromosomów obecnych w dwóch ciałkach kierunkowych. Podobnie genetyczną diagnostykę przedimplantacyjną (PGD) można wykonywać na materiale genetycznym pozyskanym z biopsji zarodka w 3. lub 5. dniu po zapłodnieniu prowadząc analizy wykorzystujące mikromacierze 24Sure+ i system SurePlex DNA Amplification System. Takie badanie zbliżone metodologicznie do klasycznych analiz aCGH i uwzględniające próbki referencyjne wykonywane są, wówczas gdy para starająca się o potomstwo podejrzana jest o nosicielstwo określonych mutacji.
Innowacja, na którą chcielibyśmy zwrócić Państwa uwagę to kariomapowanie, czyli analiza metodą PGD pozwalająca na jednoczesne określenie kariotypu zarodka oraz weryfikację czy nie niesie on mutacji związanych z chorobami, które występują/występowały w rodzinach pary starającej się o potomstwo. W celu przeprowadzenia laboratoria genetyczne przy klinikach IVF posługują się macierzami Infinium HumanKaryomap oraz SureMDA Amplification System.
Natomiast najbardziej rewolucyjnym narzędziem wydaje się być test VeriSeq, czyli analiza PGS wykonywana już na platformie sekwencjonowania następnej generacji (MiSeq). Ogromną zaletą opartego o technologię NGS testu pozwalającego na przesiewowe badanie genetyczne zarodków, jest fakt, że informację o ewentualnych aneupliodiach możemy uzyskać zaledwie w ciągu 12 godzin od pobrania biopsji. Ilość wymaganego materiału genetycznego z pojedynczej biopsji, to zaledwie 1 ng. Na uwagę zasługuje też fakt, że podczas jednej reakcji sekwencjonowania możliwa jest jednoczesna ocena do 24 zarodków.
Kolejnym nowatorskim rozwiązaniem Illumina są nieinwazyjne genetyczne badania prenatalne (NIPT, od ang. Non-Invasive Prenatal Testing) wykorzystujące technologię sekwencjonowania następnej generacji do cząsteczek DNA płodu obecnych w krwiobiegu matki, tzw. cfDNA (od ang. cell-free DNA). Więcej informacji dostępnych jest na stronach producenta:
http://www.illumina.com/clinical/reproductive-genetic-health.ilmn
http://www.cambridgebluegnome.com/products/karyomapping
Sekwencjonowania do 384 bibliotek w jednej reakcji - rozbudowany zestaw indeksów dla zestawów Nextera XT
Badaczom, którzy wykonują wysokoprzepustowe analizy z pewnością przypadnie do gustu najnowsza propozycja firmy Illumina. W kwietniu producent ogłosił, że dostępne są nowe zestawy sekwencji indeksujących dedykowanych do bibliotek przygotowanych szlakiem Nextera XT, których wykorzystanie pozwala multipleksować do 384 prób w jednej reakcji sekwencjonowania.
Dla przypomnienia technologia Nextera to wykorzystujący własności odpowiednio zmodyfikowanych transpozomów system enzymatyczny pozwalający na przygotowanie biblioteki DNA do sekwencjonowania następnej generacji w ciągu niespełna 2 godzin. Dzięki działaniu transpozomów możliwe jest przeprowadzenie jednoczesnej fragmentacji dwuniciowego DNA, naprawy końców powstałych fragmentów oraz przyłączenie sekwencji adaptorowych pozwalających na sekwencjonowanie wielu bibliotek podczas jednej reakcji sekwencjonowania. Biblioteki przygotowywane według protokołu Nextera XT są kompatybilne ze wszystkimi modelami sekwenatorów Illumina. Dotychczas możliwe było łączenie w jednej reakcji sekwencjonowania 96 prób/bibliotek. Obecnie katalog produktów Illumina poszerzył się o produkty umożliwiające multipleksowanie nawet 384 bibliotek.
Są to następujące zestawy indeksów:
• Nextera XT Index Kit v2 Set A (96 Indexes, 384 samples), nr kat FC-131-2001
• Nextera XT Index Kit v2 Set B (96 Indexes, 384 samples), nr kat FC-131-2002
• Nextera XT Index Kit v2 Set C (96 Indexes, 384 samples), nr kat FC-131-2003
• Nextera XT Index Kit v2 Set D (96 Indexes, 384 samples), nr kat FC-131-2004
Zestawy odczynników Nextera XT oraz dostępnych zestawów indeksów szczegółowo opisano tutaj.
Custom Protocol Selector oraz Samlpe Prep Kit Selector
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Osoby pracujące z systemami NGS Illumina zachęcamy do korzystania z aplikacji Custom Protocol Selector pomocnego w skonstruowani zindywidualizowanego protokołu doświadczenia, a co za tym idzie doboru właściwego zestawu odczynników i prawidłowych ustawień systemu. Custom Protocol Selector uwzględnia wszystkie nowe produkty, które miały premierę w 2014, w tym: sekwenator NextSeq500, najnowsze aplikacje oprogramowania BaseSpace oraz pozwala na porównanie własności wybranych przez użytkownika zestawów do przygotowania bibliotek.
Wyszukiwarka prowadzi nas kolejno przez etapy wyboru: platformy do sekwencjonowania, rodzaju analizy jaki planujemy wykonać, typu narzędzia do przygotowania biblioteki, rodzaju indeksowania prób oraz parametrów odczytu sekwencji. Końcowym efektem pracy z Custom Protocol Selector jest plik pdf, stanowiący zindywidualizowany podręcznik użytkownika, który uwzględnia opis wszystkich koniecznych etapy pracy oraz zawiera listy odczynników i materiałów zużywalnych, które będą niezbędne.
Zespołom, które dopiero planują pierwsze projekty z uwzględniające sekwencjonowanie w systemach Illumina, proponujemy natomiast wyszukiwarkę Sequencing Sample Preparation Kit Selector. To przyjazne użytkownikowi i przejrzyste graficznie narzędzie pozwoli wytypować zestawy do przygotowania bibliotek najodpowiedniejsze do danego zadania badawczego.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Epicentre
MasterPure oraz FailSafe System taniej o 25%
Kilkukrotnie pisaliśmy o zaawansowanych narzedziach Epicentre do przygotowania bibliotek do sekwencjonowania nastepnej generacji. W tym wydaniu newslettera przypominamy o dobrze już znanych, udokumentowanych cytacjami i niezawodnych podstawowych odczynnikach stosowanych w biologii molekularnej:
MasterPure
Zestawy odczynników, zależnie od wybranego rodzaju, pozwalające na wydajną izolację DNA, RNA lub jednocześnie obu rodzajów kwasów nukleinowych (TNA) w probówce bez wykorzystywania kolumienek czy cząsteczek magnetycznych. Bufory wchodzące w skład zestawu w przeciwieństwie do tych stosowanych w klasycznych metodach izolacji są nietoksyczne, a wysoka czystość uzyskiwanego materiału pozwala na prowadzenie reakcji PCR, qPCR, analiz mikromacierzy czy sekwencjonowania techniką nastepnej generacji. Z wykorzystaniem odpowiedniego zestawu MasterPure możliwe jest oczyszczenie materiału genetycznego nie tylko z klasycznych materiałów jak komórki krwii obwodowej czy fragmenty tkanek ssaków czy roślin, ale także z próbek wody czy gleby. Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
W doborze zestawu do izolacji odpowiedniego do materiału z którym Państwo pracujecie pomocny będzie przewodnik MasterPure. Należy wspomnieć, że MasterPure to skalowalny system oczyszczania kwasów nukleinowych, zależnie od objętości wyjściowej próby z której izolujemy DNA/RNA zużywamy odpowiednie objętości buforów.
FailSafe PCR System
Idealne rozwiązanie, gdy napotykamy na tzw. trudną lub bogatą w powtórzenia GC matrycę DNA, która mimo prawidłowo zaprojektowanych primerów nie pozwala na uzyskanie własciwego produktu reakcji PCR z odpowiednią wydajnością. FailSafe PCR System, to zestaw skladający się z termostabilnej polimerazy DNA (opatentowany enzym o 3-krotnie wysższym poziomie dokładności niż polimeraza Taq DNA, zdolny do skutecznej amplifikacji produktów do wielkości 20 kb) oraz zestawu 12 premiksów czyli buforów rózniących się od siebie składem.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości W celu optymalizacji PCR użytkownik przygotowuje porcje matrycy oraz porcje par starterów na 12 niezależnych reakcji PCR, do każdego wariantu stosując inny premiks (oznakowane literami od A do L). Epicentre zapewnia, że przynajmniej w jednym z wariantów mastermiksu otrzymamy właściwy produkt reakcji PCR. W przypadku, jeśli kilka premiksów/buforów okaże się skutecznych producent zaleca wybranie premiksu, w którym produkt powstł z największą wydajnością.
Po przeprowadzeniu optymalizacji zależnie od potrzeb można zamawiać polimerazę FailSafe z wybranym tylko jednym premiksem/buforem ; dwoma typami pemiksów lub z ośmioma premiksami. Szczegółowy protokół pracy z FailSafe PCR System dostepny jest tutaj.
Czytelnikom naszego newslettera proponujemy trwającą do 27 czerwca 2014 (dzień przesłania zamówienia) promocję. Na hasło "MASTERPURE" lub "FAILSAFE" osoby zamawiające odczynniki z wyżej opisanych serii produktów otrzymają 25% upust od ich ceny katalogowej.
Lista wszystkich produktów objętych promocją wraz z numerami katalogowymi i aktualnymi cenami umieszczona jest na stronie internetowej www.openexome.pl w zakładce "Nowości".
Fluidigm
Sekwencjonowanie DNA pojedynczej komórki już osiągalne – aktualizacja Systemu C1
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości System automatycznej izolacji materiału genetycznego z pojedynczej komórki (System C1) został wzbogacony o nowa aplikację: Targeted DNA sequencing. Jeszcze w tym kwartale planowana jest premiera dwóch kolejnych aplikacji (sekwencjonowanie DNA typu whole genome i whole exome). Aktualizacje te umożliwią poszukiwanie mutacji w genomowych regionach regulatorowych i regionach kodujących białka w tej samej komórce, przy użyciu tylko jednego szlaku izolacyjnego zestawionego z różnorodną metodyką. W pojedynczym cyklu izolacji możliwe jest uzyskanie do 96 matryc genomowego DNA pochodzących z odmiennych, pojedynczych komórek. Pełna informacja o możliwych szlakach aplikacyjnych dla systemu C1 dostępna jest na stronie: http://www.fluidigm.com/single-cell-dna-sequencing.html.
Dodatkowym ułatwieniem w pracy z systemem C1 jest możliwość konstruowania i rekonfiguracji własnych paneli sekwencyjnych przy użyciu darmowego oprogramowania D3 Assay Design, dostępnego bez opłat na stronach www producenta. Natomiast zastosowanie systemu Access Array umożliwia multipleksowanie do 480 amplikonów na jedną komórkę.
Biblioteki pochodzące z pojedynczych komórek charakteryzują się wysokim pokryciem (>90%) i wysokim zmapowaniem do referencji (>90%) oraz niskim wpływem regionów GC a także niską wartością błędu (WGA base erroe rate <0,5%).
Aktualizacje oprogramowań
Sekwenator MiSeq (Illumina) – MCS v 2.4
W drugiej połowie kwietnia udostępniono użytkownikom sekwenatorów Illumina najnowszą wersję oprogramowania MiSeq Control Software wersja 2.4. Zawiera ona MiSeq Reporter v 2.4 oraz Real Time Analysis (RTA) v 1.18.54.
Kluczowym efektem wprowadzonej optymalizacji jest skrócenie czasu sekwencjonowania o 10 godzin dla reakcji uwzględniających odczynniki do odczytu 2 x 300 cykli. Dodatkowo wprowadzono:
• nowy plik raportu z analiz metagenomowych 16S RNA, który uwzględnia interaktywne narzędzia do wizualizacji danych
• rozbudowanie plików Workflow Result Files o dodatkowe parametry takie jak: algorithm version oraz dbSNP database version
• zestaw Troubleshooting Files, czyli plików usprawniających komunikację użytkownika systemu ze specjalistą aplikacyjnym, inżynierem aparatury lub Działem Wsparcia Technicznego Illumina w przypadku wątpliwości odnośnie uzyskiwanych wyników lub kłopotów z prowadzeniem reakcji sekwencjonowania
Aktualizacje jest dostępne nieodpłatnie dla wszystkich jednostek posiadających aparat MiSeq. Po uruchomieniu urządzenia na ekranie startowym pojawi się informacja o jej dostępności wraz z instrukcją dalszego postępowania. W przypadku wątpliwości jak prawidłowo wprowadzić aktualizację do aparatu MiSeq, prosimy o kontakt z helpdesk@openexome.pl
Pippin Prep i Blue Pippin (SageScience) – Pippin software v 6.02
W ostatnich dniach kwietnia firma Sage Science udostępniła użytkownikom automatycznych systemów do rozdziału elektroforetycznego i frakcjonowania DNA aktualizacje oprogramowań. Nowelizacje uwzględniają warunki rozdziału dla kilku nowych typów kaset żelowych. Producent wprowadził także szereg zmian w celu udoskonalenia warunków testów kalibracyjnych diod LED urządzeń , testu ciągłości żelu oraz doprecyzowania parametrów odczytu poszczególnych markerów.
Na poniższej stronie internetowe dostępna jest aktualizacja Pippin Prep software v 6.02, jej opis oraz instrukcja postępowania dla użytkowników aparatu: http://www.sagescience.com/product-support/pippin-prep-support.
Natomiast nowelizacja BluePippin software v 6.02 oraz instrukcja postępowania dla użytkowników podczas wgrywania tejże aktualizacji można pobrać ze strony: http://www.sagescience.com/product-support/bluepippin.
Przypominamy o terminach zbliżających się ...
... seminariów organizowanych przez OpenExome
Seminarium nt. nowatorskich rozwiązań dla medycyny reprodukcyjnej i genetyki medycznej – spotkanie adresowane do specjalistów w dziedzinie leczenia niepłodności.
MIBMiK w Warszawie, 20.05.2014, godz. 10-14.
Specjalistów w dziedzinie leczenia niepłodności i wszystkie osoby zainteresowane możliwościami jakie niosą techniki: PGS (Preimplantation Genetic Screening), PGD (Preimplentation Genetic Diagnostics) oraz NIPT (Non-Invasive Prenatal Testing) zapraszamy 20 maja 2014 na seminarium prowadzone przez Dr Szabolcs Kokeny (Illumina). Seminarium odbędzie się w godzinach 10-14 w sali 012 Międzynarodowego Instytutu Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie. W celu otrzymania szczegółowych informacji o spotkaniu i rejestracji, prosimy o kontakt na adres: community@openexome.pl.
Road show Fluidigm, czyli cykl seminariów poświęconych technologii single-cell genomics:
• Kraków – 10 czerwca 2014
• Warszawa – 11 czerwca 2014
• Olsztyn – 12 czerwca 2014
Zachęcamy do zarezerwowania sobie w kalendarzu jednego z powyższych dni. W czerwcu będziemy gościli w Polsce specjalistów z dziedziny Single-Cell Genomics firmy Fluidigm. Planowane są m.in. wykłady: "Exploring single-cell biology at the transcriptome, genome, and protein level" oraz "Targeted Single-Cell Resequencing using the Access Array™ System". Szczegółowy program spotkań dostępny będzie wkrótce na naszej stronie internetowej.
... seminariów on-line (tzw. webinars) prowadzonych przez specjalistów aplikacyjnych firmy Illumina
Illumina prowadzi szkolenia on-line dotyczące prowadzenia badań z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania następnej generacji oraz mikromacierzy.
W maju zespół Illumina Technical Support proponuje następujące tematy:
• kontrola jakości przygotowywanych bibliotek z wykorzystaniem urządzenia Bioanalyzer
• projektowanie doświadczenia i ustawienia sekwenatorów Illumina na potrzeby analizy indeksowanych wg zasady Dual-Index bibliotek Nextera i TruSeq HT
• biblioteki Nextera – omówienie protokołu wraz z technicznymi wskazówkami pomocnymi w przygotowaniu wysokiej jakości bibliotek do sekwencjonowania
• genotypowanie z wykorzystaniem macierzy Infinium – omówienie trudności najczęściej zgłaszanych przez użytkowników i porady jak je przezwyciężyć
Uczestnictwo w seminariach (webinarach) Illumina wymaga dostępu do internetu oraz aktywnego połączenia telefonicznego (połączenie bezpłatne). Aby wziąć udział w danym seminarium należy dokonać uprzedniej rejestracji drogą elektroniczną. Kompletną listę październikowych seminariów oraz linki rejestracyjne znajdziecie Państwo na stronach www OpenExome oraz Illumina:
http://support.illumina.com/training/array.ilmn
http://support.illumina.com/training/sequencing.ilmn
... konferencji i sympozjów w Polsce:
IX Multidyscyplinarna Konferencja Nauki o Leku
12-14.05.2014. Korytnica k/Szydłowa, Hotel Cztery Wiatry
link
I Ogólnopolska Konferencja Biologii Kryminalistycznej. Tajemnice przestępstw – ślady biologiczne we współczesnych badaniach kryminalistycznych
27-29.05.2014. Wyższa Szkoła Policji w Szczytnie
link
BioForum 2014
02-29.05.2014. Łódź
link
VII Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka
08-11.09.2014. Bydgoszcz, Opera Nova
link
Kongres BIO 201 - współorganizowany przez Polskie Towarzystwa Naukowe: Biochemiczne, Biologii Komórki, Biofizyczne i Bioinformatyczne
09-12.09.2014. Warszawa, kampus UW przy ul. Krakowskie Przedmieście 26/28
link
... konferencji zagranicznych:
The 2nd Plant Genomics Congress
12-13.05.2014. Londyn, UK
link
International Symposium of Microgenomics
15-16.05.2014. Paryż, Francja
link
2nd Annual Next Generation Sequencing Data Congress 2014
19-20.05.2014. Londyn, UK
link
Single Cell Analysis 2014
22-23.05.2014. Cambridge, Massachusetts, USA
link
The European Human Genetics Conference 2014
31.05-03.06.2014. Mediolan, Włochy
link
Komentarze i opinie czytelników newslettera
Drodzy Czytelnicy! Będziemy wdzięczni jeśli zechcecie podzielić się z nami swoimi opiniami dotyczącymi newslettera OpenExome. Jeśli nasuwają się Państwu komentarze na temat treści kolejnych wydań newslettera lub sugestie tematów, które warto poruszyć w tym periodyku, prosimy o przesyłanie ich na adres: community@openexome.pl.
OpenExome s.c. | ul. Schroegera 82 | 01-828 Warszawa | (+48) 22 465 25 27 | community@openexome.pl