Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości www.openexome.pl
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Szanowni Państwo!
W wakacyjnym wydaniu newslettera informujemy o pojawieniu się na rynku szeregu nowych paneli genowych, pomocnych w identyfikacji mutacji związanych z takimi chorobami człowieka jak: białaczka, młodzieńcze zwyrodnienie plamki i mukowiscydoza. Informujemy także o ciekawych szkoleniach praktycznych oraz sympozjach i konferencjach, które planowane są na koniec lata i jesień 2014.
Niezależnie czy przeglądacie Państwo nasz biuletyn wspominając właśnie zakończony urlop czy pospiesznie kończycie ostatnie zadania w laboratorium tuż przed wakacyjnym wyjazdem, życzymy Państwu miłej lektury i czekamy na komentarze odnośnie treści kolejnych wydań naszego biuletynu.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Zespół OpenExome
Publikacje wskazujące na praktyczne wykorzystanie metody ART-Seq
Profilowanie rybosomów na potrzeby identyfikacji konserwowanych ewolucyjnie mikropeptydów
Produkty
- ważne informacje
Illumina:
TruSight Myeloid Panel
Multiplicom:
STARGARD MASTR
CFTR MASTR Dx
Epicentre:
DuraScribe T7 RNA Polymerase Kit
Lista wycofanych produktów
Na łamach majowego wydania EMBO Journal Ariel Bazzini i współpracownicy z Uniwersytetu Medycznego w Yale opublikowali wyniki projektu mającego na celu identyfikację krótkich fragmentów kodujących w genomach kręgowców. Chodziło o zbadanie powszechnie występujących u kręgowców krótkich ORF, z których w wyniku translacji powstają tzw. mikropeptydy. Są to cząsteczki wielkości od 20 do 100 aminokwasów, które jak przypuszczają naukowcy odpowiadają za regulację rozmaitych procesów związanych z rozwojem i fizjologią kręgowców.
Dzięki wykorzystaniu zaawansowanych metod bioinformatycznych, sekwencjonowania RNA aktywnego transkrypcyjnie oraz identyfikacji peptydów metodą spektro
-metrii masowej naukowcy zdołali zidentyfikować setki krótkich ORF kodujących mikropeptydy typowych dla Danio pręgowanego (organizm modelowy) i człowieka. Wyniki opisane we wspomnianej publikacji stanowią podwaliny do dalszych prac mających na celu zbadanie funkcji każdej z tych cząsteczek.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Źródło: Pubmed – PMID: 24705786
Głębokie sekwencjonowanie aktywnego transkrypcyjnie RNA pomaga opisać procesy związane ze stresem reticulum endoplazmatycznego oraz regulacją proliferacji szpiczaka mnogiego.
Grupa badaczy z ośrodków w zajmujących się nowotworami krwi w Los Angeles analizuje procesy regulacji mechanizmów decydujących o proliferacji komórek szpiczaka mnogiego. Najnowsza publikacja zespołu kierowanego przez dr Alana Lichtensteina ukazała się na łamach czasopisma PLOS One. Publikacja podsumowuje zestaw wyników uzyskanych zarówno klasycznymi (test aktywności kinaz in vitro) oraz innowacyjnymi metodami (sekwencjonowanie frakcji RNA aktywnego transkrypcyjnie) sugerujących, że kinaza MNK oraz czynnik inicjujący translację eIF-4E pełnią istotną rolę w procesach regulujących proliferację tych komórek i że są one potencjalnym celem dla rozwijanych nowatorskich terapii przeciwnowotworowych.
Źródło: Pubmed – PMID: 24714040
Informacje od partnerów OpenExome
Illumina
Wydarzenia
Praktyczne szkolenia NGS
w laboratoriach EMBL
w Heidelbergu
Seminaria on-line
w sierpniu
Kalendarium konferencji
Diagnostyka białaczek z wykorzystaniem NGS
Przedstawiamy TruSight Myeloid Sequencing Panel. Jest to najnowszy zestaw do przygotowania bibliotek NGS opracowany przez konsorcjum ekspertów z dziedziny hematoonkologii, który pozwala na identyfikację puli mutacji somatycznych opisywanych, jako podłoże poniższych jednostek chorobowych:
• Ostra białaczka szpikowa (AML)
• Zespoły mielodysplastyczne (MDS)
• Nowotwory mieloproliferacyjne (MPN)
• Przewlekła białaczka mielomonocytowa (CMML)
• Młodzieńcza białaczka mielomonocytowa (JMML)
Biblioteka przygotowana szlakiem TruSight Myeloid pozwala wychodząc od próbki zawierającej 50 ng DNA przeanalizować pełną sekwencję egzomową 15 genów oraz podatnych na powstawanie mutacji regionów w obrębie dodatkowych 39 genów pacjenta. Szczegółowy opis produktu wraz z listą badanych genów dostępny jest tutaj.
Wspomniany zestaw odczynników to precyzyjne i kosztowo ekonomiczne rozwiązanie do profilowania nowotworów krwi. Biblioteki TruSight są kompatybilne z platformą MiSeq, a uzyskane surowe dane można w nieskomplikowany sposób analizować przy pomocy programów MiSeq Reporter Somatic Variant Caller oraz Variant Studio.
Fluidigm
PODRĘCZNIK: Preparatyka pojedynczych komórek do Systemu C1
Sprawdź czy komórki i tkanki, będące obiektem twoich badań, nadają się do analiz w automatycznym systemie do preparatyki pojedynczych komórek C1 firmy Fluidigm. Aby uzyskać dostęp do najnowszego podręcznika wejdź na stronę: http://www.fluidigm.com/single-cell-prep-guide.html.
Po podaniu afiliacji uzyskuje się bezpośredni dostęp do podręcznika, który powstał w oparciu o dotychczasowe doświadczenia użytkowników i najczęściej obierane szlaki preparatyki. W zależności od typu tkanki i komórek proponowany jest szlak różnicowania, wzbogacania, wybarwienia, kontroli jakości i w końcu uruchomienia aplikacji C1. Na końcu podręcznika umieszczona została sekcja opisująca przypadki trudne i sposoby ich rozwiązywania.
Multiplicom
Nowość - panel STARGARDT MASTR
W lipcu 2014 katalog produktów firmy Multiplicom powiększył się o nowy panel genowy wykorzystujący technologię NGS. Jest nim zestaw Stargardt MASTR. Tym razem renomowany producent proponuje test genetyczny pomocny w diagnozowaniu młodzieńczego zwyrodnienia plamki (łac. fundus flavimaculatus), choroby inaczej zwanej dnem żółtoplamistym lub chorobą Stargardta. Młodzieńcze zwyrodnienie plamki to choroba degeneracyjna, której objawy obserwowane są już w dzieciństwie i nasilają się z wiekiem pacjenta. Postępujące zmiany w obrębie siatkówki powodują między innymi poważne zaburzenia a w konsekwencji zanik centralnego widzenia. Choroba Stargardta dziedziczona jest zazwyczaj w sposób autosomalny recesywny (a zdecydowanie rzadziej w sposób autosomalny dominujący) i dotyka średnio 1 na 10 000 osób.
Stargardt MASTR jest testem molekularnym pozwalającym na wczesną identyfikację mutacji w genach ABCA4, ELOVL4 iCNGB3. Wykonanie czterech reakcji PCR typu multipleks zapewnia wzbogacenie próbek w 91 amplikonów obejmujących sekwencje kodujące wymienionych genów. Biblioteka przygotowywana wg protokołu Stargardt MASTR może być analizowana w różnego typu sekwenatorach NGS. W zależności od platformy NGS i jej przepustowości podczas jednej reakcji można analizować od 4 do 597 prób.
Certyfikowany zestaw do wzbogacania kompletnej sekwencji genu CFTR dla platform NGS
W czerwcu firma Multiplicom wprowadziła do oferty certyfikowany zestaw CFTR MASTR™ Dx. Kit jest przeznaczony do identyfikacji wariantów w kompletnej sekwencji genu CFTR u osób z podwyższonym ryzykiem mukowiscydozy, jej nosicieli oraz u osób, których fenotyp wskazuje na mukowiscydozę. Zestaw pozwala na przeprowadzenie analizy SNV oraz CNV. Zmienność liczby kopii nie jest objęta certyfikacją CE IVD.
Zapewnienie najwyższych standardów diagnostyki klinicznej pozwoliło na stworzenie certyfikowanego, multipleksowego kitu do przygotowywania bibliotek NGS, wzbogacającego kompletną sekwencję genu CFTR. Zestaw spełnił wszystkie wymagania konieczne do uzyskania certyfikacji do diagnostyki in vitro, zgodnie z regulacjami CE. Etykieta CE IVD odnosi się do stosowania przedstawianego testu w kombinacji z sekwenatorami Illumina MiSeq® oraz z systemami 454 (GS Junior i GS FLX +), dla których przygotowano również certyfikowane zestawy do znakowania/identyfikacji próbek (MID Dx).
Badania walidacyjne CFTR MASTR™ Dx przeprowadzono w kilku wiodących europejskich centrach genetycznych. Surowe dane otrzymane podczas sekwencjonowania walidowanych bibliotek CFTR MASTR™ Dx analizowano przy użyciu oprogramowania dropGen™ Application (Sophia Genetics) oraz modułu SeqNext pakietu Sequence Pilot (JSI Medical Systems).
Najważniejsze zalety stosowania certyfikowanych testów do diagnostyki in vitro:
• znacznie obniżone koszty i czas - brak konieczności walidacji testu
• ułatwiony proces akredytacji laboratorium medycznego wykonującego usługi badań diagnostycznych
• zgodność ze spójnymi normami i ustalonymi procesami dla uzyskania wiarygodności wyników
• wysoka wydajność i oszczędne sekwencjonowanie dla celów diagnostycznych.
Epicentre
DuraScribe T7 RNA Polimerase Kit
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Przedstawiamy zestaw odczynników DuraScribe T7 RNA Polymerase przeznaczony do prowadzenia odwrotnej transkrypcji in vitro, przy zastosowaniu, którego otrzymujemy całkowicie odporne na trawienie RNazą A i DNazą transkrypty (tzw. DuraSkrypty). Reakcja katalizowana przez enzym DuraScribe przebiega z wysoką wydajnością (z 1 µg matrycowego DNA powstaje do 60 µg RNA) i pozwala na skuteczną syntezę zarówno krótkich jak i długich DuraSkryptów: stabilnych aptamerów RNA, interferujących RNA oraz antysensownych nici RNA. Wykorzystywany przez firmę Epicentre mutant polimerazy T7 RNA podobnie jak dziki typ enzymu wiąże się specyficznie z promotorem T7. Warto zaznaczyć, że DuraScribe T7 RNA Polymerase Kit jest kompatybilny z technologią SELEX, służącą do identyfikacji i wybiórczej amplifikacji aptamerów RNA o oczekiwanej charakterystyce spośród licznej puli przypadkowych sekwencji.
Zestaw zawiera mutanta polimerazy T7 RNA wraz z buforem, cztery rodzaje deoksynukleotydów (w tym fluorescencyjnie znakowane 2′-F-dCTP 2′-F-dUTP), wolną od RNaz DNazę I oraz kontrolną matrycę DNA. Produkt dostępny jest w opakowaniu wystarczającym na przeprowadzenie 10 lub 25 niezależnych reakcji.
Lista produktów wycofanych z katalogu Epicentre
Uprzejmie informujemy, że od sierpnia 2014 producent wycofuje następujące odczynniki ze sprzedaży:
• MiniV in vitro transcription system
• MonsterScript Reverse Transcriptase
• RiboMultiplier Sense RNA Amplification System
• MasterAmp PCR System with Ammonium Sulfate
• MasterAmp RT-PCR (High Fidelity and High Sensitivity)
• TAQXpedite PCR System
• Colony Fast Screening Kits (PCR, RE, Size)
• Supercoiled DNA Markers
• Stand-alone nucleotides (CTP, GTP, UTP)
• Topoisomerase I
• PeriPreps Periplasting Kit
• WaterMaster DNA Purification Kit
Przypominamy o terminach zbliżających się ...
... szkoleń praktycznych organizowanych przez Illumina i EMBL
Jesienią w Heidelbergu odbędzie się pierwsza edycja odpłatnych szkoleń praktycznych, dotyczących przygotowywania bibliotek i analiz NGS. Formuła warsztatów laboratoryjnych współorganizowanych przez firmę Illumina i organizację EMBL zakłada, że uczestnicy będą mogli przywieźć swoje próbki do analizy. Zajęcia będą odbywały się w kilkuosobowych grupach.
W październiku i listopadzie planowane są następujące szkolenia:
• 06-07.10.2014 Whole Genome Sequencing with TruSeq DNA PCR-free:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-01/index.html
• 08-10.10.2014 Whole Transcriptome Sequencing with TruSeq stranded total RNA:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-02/index.html
• 03-11.11.2014 Translational & Clinical Targeted Resequencing with
TruSeq (Custom) Amplicon:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-03/index.html
• 03-07.11.2014 Translational & Clinical Targeted Resequencing with
Nextera/TruSight Rapid Capture:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-04/index.html
Osoby zainteresowane udziałem w szkoleniu proszone są o rejestrowanie się na stronie internetowej EMBL (linki podane kolejno pod tytułami kursów). Rejestracja uczestników oraz opłaty za szkolenia są koordynowane przez EMBL. Rejestracja będzie kończyła się na około 5 tygodni przed danym szkoleniem.
... seminariów on-line (tzw. webinars) prowadzonych przez specjalistów aplikacyjnych firmy Illumina
Illumina proponuje szkolenia on-line dotyczące prowadzenia badań z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania następnej generacji oraz mikromacierzy.
W sierpniu eksperci zespołu Illumina Technical Support omówią następujące tematy:
• Trusight Myeloid Sequencing Panel - przeznaczenie, sposób opracowania, zasada działania oraz protokół pracy nowego zestawu odczynników do identyfikacji mutacji związanych z białaczką
• sekwencjonowanie amplikonów na sekwenatorze MiSeq
• optymalizacja gęstości klastrów tworzonych w komórce przepływowej sekwenatora
Uczestnictwo w seminariach (webinarach) Illumina wymaga dostępu do internetu oraz aktywnego połączenia telefonicznego (połączenie bezpłatne). Aby wziąć udział w danym seminarium należy dokonać uprzedniej rejestracji drogą elektroniczną. Kompletną listę październikowych seminariów oraz linki rejestracyjne znajdziecie Państwo na stronach www OpenExome oraz Illumina:
http://support.illumina.com/training/array.ilmn
http://support.illumina.com/training/sequencing.ilmn
... konferencji i sympozjów w Polsce:
VII Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka
08-11.09.2014. Bydgoszcz, Opera Nova
link
Kongres BIO 2014 - współorganizowany przez Polskie Towarzystwa Naukowe: Biochemiczne, Biologii Komórki, Biofizyczne i Bioinformatyczne
09-12.09.2014. Warszawa, kampus UW przy ul. Krakowskie Przedmieście 26/28
link
Genetyka Kliniczna Nowotworów 2014
25-26.09.2014. Szczecin
link
Techniki analizy genomu w badaniach nowotworów – warsztaty
28.10.2014. Warszawa
link
... konferencji zagranicznych:
Single-Cell Genomics Meeting
09-11.09.2014. Stockholm, Sweden
link
Microbiology & Infectious Diseases Congress 2014
29-20.09.2014. London, UK
link
International Symposium on Human Identification (ISHI)
29.09-02.10.2014. Phoenix, USA
link
6th Annual Next Generation Sequencing Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
2nd Annual Single Cell Analysis Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
NGS for Cancer Drug Development & Diagnostics Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
Annual conference of ESBB Biobanking Society
21-24.10.2014. Leipzig (Lipsk), UK
link
Nasze wrażenia z Konferencji Biologii Kryminalistycznej w Szczytnie
W dniach 27-30 maja OpenExome miało przyjemność uczestniczyć w I Ogólnopolskiej Konferencji Biologii Kryminalistycznej, której tematem przewodnim były ślady biologiczne we współczesnych badaniach kryminalistycznych. Pomysłodawcy i organizatorzy tego sympozjum zgromadzili w Szczytnie blisko stu przedstawicieli laboratoriów policyjnych, przedstawicieli instytutów naukowych oraz uczelni wyższych. Uczestnicy konferencji wysłuchali ponad wykładów i doniesień ustnych, które okraszone były interesującymi dyskusjami. Poruszane przez wykładowców tematy pokazały, że biologia kryminalistyczna to intensywnie rozwijająca się dziedzina, która wykorzystuje wiedzę i doświadczenie specjalistów z na pozór bardzo odległych dziedzin nauki. Tę kwestię szczególnie uwypukliły wykłady:
• prof. Tadeusza Dobosza, który prezentował szeroki wachlarz autorskich metod opracowanych w Zakładzie Technik Molekularnych Uniwersytetu Medycznego we Wrocławiu. Przytaczane przez prelegenta przykłady badań genetycznych, które przyniosły odpowiedzi na pytania śledczych jasno wskazywały, że wychodzenie poza utarte schematy analiz i twórcze myślenie pozwalają z powodzeniem zakończyć nawet najtrudniejsze dochodzenia. Profesor Dobosz tłumaczył, że metody identyfikacji osobników rozmaitych gatunków roślin i zwierząt także znajdują lub niebawem znajdą w zastosowanie w kryminalistyce. Wykładowca wspominał tutaj m.in. o sprawach dotyczących kłusownictwa czy tez identyfikacji roślin, z których pozyskiwane są substancje psychoaktywne
• prof. Tadeusza Grzybowskiego, który podczas jednego ze swoich wystąpień omawiał uzyskane w Zakładzie Genetyki Molekularnej i Sądowej CM UMK w Bydgoszczy wyniki analiz filogenetycznych mitochondrialnego DNA psa domowego. Wykładowca wspominał o praktycznych możliwościach wykorzystania informacji o sekwencji genomu mitochondrialnego psów jako dowodów podczas spraw sądowych
• dr Andrzeja Ossowskiego z Zakładu Medycyny Sądowej Pomorskiego Uniwersytetu Medycznego, który opowiadał o założeniach oraz pierwszych osiągnięciach multidyscyplinarnego zespołu badaczy tworzących Polską Bazę Genetyczną Ofiar Totalitaryzmu
Firmy OpenExome i Analityk, jako partnerzy konferencji zaprosiły do Szczytna panią Nicolę Oldroyd (Market Development Manager, Forensic Genomics, Illumina), która podczas sesji plenarnej pierwszego dnia zjazdu przedstawiła wykład na temat wykorzystania technologii sekwencjonowania następnej generacji na potrzeby genetyki sądowej. Prezentacja Nicoli Oldroyd cieszyła się dużym zainteresowaniem i dyskusje dotyczące praktycznego zastosowania rozwiązań firmy Illumina w kryminalistyce przeniosły się do stoiska naszego stoiska firmowego.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Komentarze i opinie czytelników newslettera
Drodzy Czytelnicy! Będziemy wdzięczni, jeśli zechcecie podzielić się z nami swoimi opiniami dotyczącymi newslettera OpenExome. Jeśli nasuwają się Państwu komentarze na temat treści kolejnych wydań newslettera lub sugestie tematów, które warto poruszyć w tym periodyku, prosimy o przesyłanie ich na adres: community@openexome.pl.
OpenExome s.c. | ul. Schroegera 82 | 01-828 Warszawa | (+48) 22 465 25 27 | community@openexome.pl