Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości www.openexome.pl
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Szanowni Państwo!
Wrzesień rozpoczyna okres licznych zjazdów i sympozjów naukowych. Nadchodzi czas podsumowywania dotychczasowych dokonań, okołokonferencyjnej wymiany doświadczeń między zespołami badawczymi i planowania wspólnych nowych projektów. Nic więc dziwnego, że kalendarium spotkań naukowych, seminariów oraz szkoleń to wyjątkowo rozbudowana część niniejszego wydania newslettera. W pozostałych działach naszego biuletynu nie brakuje oczywiście przeglądu literaturowego wskazującego na kolejne praktyczne zastosowania technologii NGS ani zbioru informacji o nowościach proponowanych przez partnerów OpenExome.
Życzymy miłej lektury, czekając jednocześnie na Państwa komentarze i sugestie na temat treści kolejnych wydań naszego biuletynu.
Zespół OpenExome
Ciekawe publikacje
Trafna diagnoza leptospirozy wykonana w niespełna 24-godziny ratuje życie pacjenta – studium przypadku
Wydarzenia
Zaproszenie na 7. Zjazd PTGC w Bydgoszczy i wykłady na temat:
NGS w diagnostyce prenatalnej
NGS w diagnostyce onkologicznej
Zaproszenie na praktyczne szkolenia NGS w laboratoriach EMBL w Heidelbergu
Seminaria on-line we wrześniu
Kalendarium konferencji
Produkty
- ważne informacje
VeriSeq PGS Kit
Multi-gene Oncopanel dla R&D firm: AstraZeneca, Sanofi I Janssen Biotech
Film z przygotowania bibliotek NGS z wykorzystaniem zestawów MASTR Multiplicom
Kalkulator do paneli Multiplicom
EpiGnome i sekwencjonowanie metylomu
Zachęcamy do przeczytania artykułu, który ukazał się w czerwcu 2014 na łamach czasopisma New England Journal of Medicine i którego treść mogłaby z powodzeniem stać się kanwą do jednego z odcinków popularnego serialu „Dr House”. Mamy tu jednak do czynienia nie z gatunkiem medical fiction, a z opisem przypadku wskazującym na zasadność sięgania po najnowsze technologie nawet wówczas, jeśli nie są one jeszcze powszechne w ośrodkach diagnostyki medycznej.
Profesor Charles Chiu z Uniwersytetu w San Francisco podsumował we wspomnianym artykule pracę zespołu klinicystów i diagnostów laboratoryjnych, którzy poszukiwali przyczyn niepoddającego się leczeniu zapalenia mózgu u nastoletniego pacjenta z ciężkim niedoborem odporności. Klasyczne metody diagnostyki obrazowej, biochemicznej i mikrobiologicznej nie przychodziły lekarzom z pomocą i pomimo rozmaitych prób terapii stan pacjenta, którego przywieziono z wysoka gorączką i bólem głowy pogarszał się systematycznie. W obliczu wystąpienia wodogłowia i częstych napadów padaczkowych lekarze wprowadzili pacjenta w stan śpiączki farmakologicznej.
Klinicyści wciąż nie znając przyczyny tak poważnego stanu pacjenta zdecydowali się sięgnąć po zaawansowane metody diagnostyki molekularnej. We współpracy z badaczami pracującymi na sekwenatorze MiSeq i korzystającymi z autorskiego oprogramowania SURPI (służącego do analizy wyników NGS pod kątem identyfikacji DNA patogenów) przeanalizowali sekwencje DNA wyizolowane z próbki płynu mózgowo-rdzeniowego pobranego od pacjenta.
Rezultaty były zaskakujące i potwierdziły niezrównaną czułość sekwencjonowania następnej generacji. Wbrew negatywnym wynikom badań prowadzonym metodami serologicznymi i PCR, sekwencjonowanie NGS pośród 3 milionów fragmentów DNA obecnych w próbce pobranej od pacjenta pozwoliło zidentyfikować 475 unikalnych sekwencji DNA, które są charakterystyczne dla bakterii Leptospira santarosai. Dobrana na podstawie tego wyniku odpowiednia terapia antybiotykowa oraz kilkutygodniowy czas rehabilitacji przywróciły pacjenta do dobrego stanu zdrowia.
Źródła:
aktualności z Uniwersytetu San Francisco
• Pubmed – PMID: 24896819
Sekwencjonowanie następnej generacji i oczyszczalnie wody
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości Wychodząc poza medyczne tematy wskazujemy Państwu kolejną dziedzinę, w której zastosowanie znajduje technologia NGS. W najnowszym wydaniu periodyku Environmental Science and Pollution Research opisano wyniki prac mających na celu charakterystykę biofilmów osadzających się na różnych rodzajach filtrów stosowanych do oczyszczania wody pitnej (filtrów zbudowanych z węgla aktywowanego biologicznie oraz granulowanego węgla aktywnego). Badano skład gatunkowy kilku rodzajów biofilmów i zdolność danego biofilmu do usuwania/rozkładania substancji organicznych, z którymi najpowszechniej borykają się oczyszczalnie wody.
Wykonywano badania metagenomiczne z wykorzystaniem sekwenatora następnej generacji i na postawie uzyskanych wyników identyfikowano gatunki mikroorganizmów obecnych w określonych próbkach. Badacze zaobserwowali, że szczególne powinowactwo do badanych materiałów mają zdolne do rozkładania związków azotowych organizmy z rodzajów Bradyrhizobium, Hyphomicrobium, Microcystis oraz Sphingobium. Autorzy pracy mają nadzieję, że kontynuacja takich interdyscyplinarnych projektów pozwoli na opracowanie nowych technologii oczyszczania, które zamiast chemicznie uzdatniać wodę pozwolą wydajnie ją oczyszczać metodami biologicznymi.
Źródło:
• Pubmed – PMID: 25087501
Informacje od partnerów OpenExome
Illumina
VeriSeq PGS Kit
W katalogu Illuminy dostępny jest już przeznaczony do badań preimplantacyjnych, zestaw odczynników do NGS pozwalający na detekcję ewentualnych aneuploidii w komórkach ludzkiego zarodka. Zestaw o nazwie VeriSeq PGS Kit zawiera wszystkie odczynniki niezbędne do pracy 24 próbkami i pozwalające na przeprowadzenie następujących etapów analizy:
• amplifikacja DNA izolowanego z pojedynczej komórki/kilku komórek zarodka
• przygotowanie biblioteki NGS
• właściwa reakcja sekwencjonowania
Analiza uzyskanych sekwencji wykonywana jest w oparciu o integralne z sekwenatorem Miseq oprogramowanie MiSeq Reporter (MSR). Dalsza ocena poprawności liczby chromosomów w analizowanych biopsjach zarodków wykonywana jest w przyjaznym dla użytkownika programie BlueFuse Multi i jej zwieńczeniem jest przygotowanie przejrzystego raportu, na postawie którego lekarz i embriolog mogą podjąć decyzję odnośnie wyboru zarodków. Licencja Bluefuse Multi udostępniana jest nieodpłatnie użytkownikom zestawu VeriSeq. Szerszy opis testu NGS do badań preimplantacyjnych zawarto w: karcie produktu oraz ulotce informacyjnej VeriSeq Kit
Automatyzacja przygotowania bibliotek NGS
Użytkowników sekwenatorów NGS, którzy zainteresowani są automatyzacją procesu przygotowania bibliotek zapraszamy do odwiedzenia nowego działu na stronie internetowej Illumina. Przedstawiono w nim:
• zestawienie urządzeń pomocnych w automatyzacji pipetowania kolejnych odczynników w trakcie przygotowania bibliotek (szlakami TruSeq oraz Nextera). W tabeli wyszczególniono również systemy/stacje pipetujące, których skuteczność i dokładność dla określonego protokołu była walidowana przez producenta sekwenatora oraz porównywalna z trybem manualnego przygotowania bibliotek
• listę urządzeń pomocnych na etapie fragmentacji DNA oraz frakcjonowania fragmentów DNA o pożądanej wielkości
Szczegółowe zestawienia aparatów i aplikacji dostępne są tutaj
Multi-gene Oncopanel - umowa partnerstwa strategicznego pomiędzy Illumina, AstraZeneca, Sanofi oraz Janssen Biotech dla opracowania uniwersalnego diagnostycznego testu genetycznego
21 sierpnia 2014 Illumina podpisała umowę partnerstwa strategicznego z trzema renomowanymi koncernami farmaceutycznymi pracującymi nad rozwojem innowacyjnych leków onkologicznych. Celem wspólnego przedsięwzięcia Illuminy, AstraZeneca, Sanofi oraz Janssen Biotech (oddział firmy Johnson&Johnson) jest stworzenie i walidacja jednego uniwersalnego genetycznego narzędzia diagnostycznego, które znacznie ułatwi onkologom dobór spersonalizowanej terapii dla danego pacjenta. Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Będzie nim multi-gene Oncopanel, czyli panel genetyczny wykorzystujący technologię sekwencjonowania następnej generacji (NGS), który będzie uwzględniał ogromną pulę genów/sekwencji w obrębie których występują mutacje wiązane z danym rodzajem nowotworu. Opracowywane narzędzie docelowo ma zostać skomercjalizowane i przychodzić z pomocą lekarzom klinicystom, którzy będą mogli podjąć szybką decyzję odnośnie wyboru terapii dla danego pacjenta na podstawie profilu molekularnego guza, a nie jedynie na podstawie lokalizacji zmiany nowotworowej (rodzaj tkanki, ogniska pierwotne czy wtórne) czy obrazu histopatologicznego pobranej tkanki.
Obecnie multi-gene Oncopanel będzie udoskonalany i testowany na potrzeby prac działów badawczo-rozwojowych firm AstraZeneca Sanofi i Janssen Biotech. Narzędzie to posłuży na etapie prowadzenia badań klinicznych dla około 800 substancji będących kandydatami do leków onkologicznych.
Źródła:
Wall Street Journal on-line
Forbes on-line
Multiplicom
Zestawy MASTR, czyli prosty protokół przygotowania bibliotek do celowanego resekwencjonowania na dowolnej platformie NGS
Zachęcamy do obejrzenia filmu obrazującego protokół pracy z panelami genowymi z serii MASTR, pozwalającymi na celowane sekwencjonowanie tych fragmentów genomu człowieka, w których występują mutacje wiązane z określonymi jednostkami chorobowymi.
W ciągu zaledwie 10 minut zapoznacie się Państwo z listą odczynników niezbędnych do przeprowadzenia kolejnych reakcji PCR, zobaczycie jakie składowe kryje opakowanie przykładowego zestawu MASTR oraz obejrzycie wszystkie etapy przygotowania biblioteki w laboratorium, aż do momentu uruchomienia reakcji w sekwenatorze NGS. Film jest doskonałym wprowadzeniem dla osób, które rozważają pracę z wybranym panelem genowym. Obecnie dostępne są następujące produkty z tej serii: BRCA Dx, CFTR Dx, EGFR 18-21, GIST, MODY, ALPORT, TP53, DMD, FAP, FMF, HNPCC, MARFAN, HCM, ADH oraz SOMATIC 1 (KRAS, BRAF, NRAS).
Kalkulator reakcji NGS z panelami Multiplicom
Od niemal dwóch lat OpenExome jest dystrybutorem belgijskiego producenta diagnostycznych zestawów do przygotowywania bibliotek NGS, firmy Multiplicom N.V.
Unikalny algorytm opracowany przez zespół specjalistów Multiplicom, umożliwia skuteczne projektowanie złożonych multipleksowych reakcji PCR, w których wydajnie amplifikowane są rozległe fragmenty wybranych genów, całe eksony lub sekwencje kodujące całych genów. Optymalne zaprojektowanie tak złożonych reakcji umożliwia produkcję zestawów do wzbogacania (enrichment) kilku – kilkunastu genów, których zmiany uważa się za patogenne. Gotowe produkty – z linii MASTR™ - dają możliwość szybkiego i łatwego przygotowania biblioteki do sekwencjonowania NGS, bez względu na to, jakim sekwenatorem dysponuje dane laboratorium - etap amplifikacji jest identyczny dla sekwenatorów Illuminy, Roche i Life Technologies.
Aby ułatwić planowanie pracy z zestawami MASTR™, zespół wsparcia technicznego Multiplicom opracował kalkulator reakcji sekwencjonowania bibliotek wygenerowanych z użyciem z poszczególnych zestawów.
Aby obliczyć liczbę próbek możliwych do zsekwencjonowania w jednej reakcji, należy z rozwijanej listy wybrać preferowany zestaw MASTR™ oraz stosowaną platformę do sekwencjonowania. Pojawiający się automatycznie raport zawiera teoretyczne parametry wydajnościowe reakcji, liczbę próbek możliwych do sekwencjonowania w jednej puli oraz prognozowane pokrycie.
Przypominamy, że katalog produktów linii MASTR™ zawiera aktualnie następujące zestawy: BRCA Dx, CFTR Dx, EGFR 18-21, GIST, MODY, ALPORT, TP53, DMD, FAP, FMF, HNPCC, MARFAN, HCM, ADH oraz SOMATIC 1 (KRAS, BRAF, NRAS).
Zachęcamy do zapoznania się z pełną ofertą Multiplicom oraz wypróbowania nowego kalkulatora reakcji. W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z OpenExome na adres community@openexome.pl.
Epicentre
EpiGnome – zestaw do przygotowania biblioteki NGS do całogenomowej analizy metylacji DNA
Przedstawiamy najnowsze rozwiązanie do przygotowania bibliotek na potrzeby sekwencjonowania metylomu. EpiGnome to opracowany przez firmę Epicentre protokół przygotowania biblioteki z DNA genomowego uprzednio poddanego konwersji wodorosiarczynem sodu (protokół jest kompatybilny z produktami Zymo Lightning Kit i Zymo Gold Kit).
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości
Zestaw odczynników EpiGnome pozwala na:
• pracę z zaledwie 50 ng DNA
• ominięcie etapu fragmentacji/sonikacji genomowego DNA
• przygotowanie biblioteki NGS w ciągu jednego dnia (łącznie z etapem konwersji cytozyn)
• brak konieczności stosowania metylowanych adapterów
• otrzymanie wysoce zróżnicowanych bibliotek
• uzyskanie równomiernego pokrycia CpG, CHG oraz CHH
Szczegółowe informacje znajdziecie Państwo na stronie producenta w:
podręczniku użytkownika zestawu EpiGnome
poradniku bioinformatycznym dla użytkowników EpiGnome Methyl‐Seq
Przypominamy o terminach zbliżających się ...
... szkoleń praktycznych organizowanych przez Illumina i EMBL
Jesienią w Heidelbergu odbędzie się pierwsza edycja odpłatnych szkoleń praktycznych, dotyczących przygotowywania bibliotek i analiz NGS. Formuła warsztatów laboratoryjnych współorganizowanych przez firmę Illumina i organizację EMBL zakłada, że uczestnicy będą mogli przywieźć swoje próbki do analizy. Zajęcia będą odbywały się w kilkuosobowych grupach.
W październiku i listopadzie planowane są następujące szkolenia:
• 06-07.10.2014 Whole Genome Sequencing with TruSeq DNA PCR-free:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-01/index.html
• 08-10.10.2014 Whole Transcriptome Sequencing with TruSeq stranded total RNA:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-02/index.html
• 03-07.11.2014 Translational & Clinical Targeted Resequencing with
Nextera/TruSight Rapid Capture:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-04/index.html
• 03-11.11.2014 Translational & Clinical Targeted Resequencing with
TruSeq (Custom) Amplicon:
http://www.embl.de/training/events/2014/ILL14-03/index.html
Osoby zainteresowane udziałem w szkoleniu proszone są o rejestrowanie się na stronie internetowej EMBL (linki podane kolejno pod tytułami kursów). Rejestracja uczestników oraz opłaty za szkolenia są koordynowane przez EMBL. Rejestracja na szkolenia zostanie zamknięta 4 września 2014.
... seminariów on-line (tzw. webinars) prowadzonych przez specjalistów aplikacyjnych firmy Illumina
Illumina prowadzi szkolenia on-line dotyczące prowadzenia badań z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania następnej generacji oraz mikromacierzy.
We wrześniu eksperci zespołu Illumina Technical Support omówią następujące tematy:
• biblioteki small RNA – wprowadzenie do protokołu zestawu TruSeq small RNA oraz omówienie etapów pracy, które są kluczowe dla wydajnego przygotowania biblioteki NGS
• sekwenator NextSeq500 – wprowadzenie do pracy z wykorzystaniem najnowszej platformy NGS
• kontrola jakości przygotowywanych bibliotek z wykorzystaniem urządzenia Bioanalyzer
• ocena przebiegu i jakości reakcji sekwencjonowania z wykorzystaniem Sequence Analysis Viewer (SAV)
• biblioteki Nextera – omówienie protokołu oraz najczęściej zadawanych pytań przez użytkowników
Uczestnictwo w seminariach (webinarach) Illumina wymaga dostępu do internetu oraz aktywnego połączenia telefonicznego (połączenie bezpłatne). Aby wziąć udział w danym seminarium należy dokonać uprzedniej rejestracji drogą elektroniczną. Kompletną listę październikowych seminariów oraz linki rejestracyjne znajdziecie Państwo na stronach www OpenExome oraz Illumina
http://support.illumina.com/training/array.ilmn
http://support.illumina.com/training/sequencing.ilmn
... konferencji i sympozjów w Polsce:
VII Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka
08-11.09.2014. Bydgoszcz, Opera Nova
link
Kongres BIO 2014 - współorganizowany przez Polskie Towarzystwa Naukowe: Biochemiczne, Biologii Komórki, Biofizyczne i Bioinformatyczne
09-12.09.2014. Warszawa, kampus UW przy ul. Krakowskie Przedmieście 26/28
link
Genetyka Kliniczna Nowotworów 2014
25-26.09.2014. Szczecin
link
Life Science OPEN Space
22.10.2014. Kraków
link
Techniki analizy genomu w badaniach nowotworów - warsztaty
28.10.2014. Warszawa
link
... konferencji zagranicznych:
Single-Cell Genomics Meeting
09-11.09.2014. Stockholm, Sweden
link
Microbiology & Infectious Diseases Congress 2014
29-20.09.2014. London, UK
link
International Symposium on Human Identification (ISHI)
29.09-02.10.2014. Phoenix, USA
link
6th Annual Next Generation Sequencing Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
2nd Annual Single Cell Analysis Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
NGS for Cancer Drug Development & Diagnostics Congress 2014
20-21.10.2014. London, UK
link
Annual conference of ESBB Biobanking Society
21-24.10.2014. Leipzig (Lipsk), UK
link
7. Zjazd Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka
OpenExome wraz ze współpracującymi firmami: Analityk, Illumina oraz Multiplicom serdecznie zaprasza Państwa do udziału w 7. Zjeździe Polskiego Towarzystwa Genetyki Człowieka, który odbędzie się w dniach 8-10 września w Bydgoszczy (http://www.7zjazdptgc.pl).
Program trzydniowej konferencji naszpikowany jest interesującymi tematami prezentacji naukowych. Jako dostawca nowatorskich rozwiązań do zaawansowanych technik biologii molekularnej pozwalamy sobie zwrócić uwagę na dwie prezentacje komercyjne, które odbędą się:
we wtorek (9 września) o godzinie 9.10 podczas I sesji plenarnej "From microarrays to next generation sequencing: novel methods in prenatal testing" - dr Florian Graedler z firmy Illumina omówi najnowsze metody genetycznych badań preimplantacyjnych i prenatalnych
we wtorek (9 września) o godzinie 18.40 w ramach IV sesji plenarnej "Mutation testing in oncology applying MASTR assays on NGS" - Luc Segers z firmy Multiplicom opowie o zastosowaniach paneli genowych z serii MASTR (Multiplex Amplification of Specific Targets for Resequencing)
Komentarze i opinie czytelników newslettera
Drodzy Czytelnicy! Będziemy wdzięczni, jeśli zechcecie podzielić się z nami swoimi opiniami dotyczącymi newslettera OpenExome. Jeśli nasuwają się Państwu komentarze na temat treści kolejnych wydań newslettera lub sugestie tematów, które warto poruszyć w tym periodyku, prosimy o przesyłanie ich na adres: community@openexome.pl.
OpenExome s.c. | ul. Schroegera 82 | 01-828 Warszawa | (+48) 22 465 25 27 | community@openexome.pl