Jeżeli e-mail nie wyświetla się poprawnie, zobacz go w przeglądarce.
Pobierz grafikę, aby zobaczyć całą treść wiadomości www.openexome.pl
Szanowni Państwo!
 
Sekwencjonowanie następnej generacji mocno zrewolucjonizowało podejście do charakteryzowania genomów mikroorganizmów. Wyniki pogłębionej analizy genetycznej służą przede wszystkim epidemiologom i klinicystom, ale również producentom żywności  czy biologom środowiska.
Pierwsza część niniejszego wydania newslettera to właśnie przegląd prac z obszaru mikrobiologii.Kolejne działy biuletynu OpenExome, zawierają informacje o najnowszych produktach oferowanych przez naszych dostawców oraz kalendarium konferencji i sympozjów.

Życzymy przyjemnej lektury i czekamy na propozycje zagadnień, które Państwa zdaniem powinny znaleźć się w kolejnych wydaniach naszego periodyku.
                                                                                                                Zespół OpenExome
Ciekawe publikacje
Zmienność genów odpowiedzialnych za wirulencję Helicobacter pylori, czyli  o poszukiwaniu uniwersalnego celu terapeutycznego
Nowości
Edvotek i pasjonujące lekcje pokazowe
NeoPrep – automatyzacja bibliotek NGS
TruSight Cardio Sequencing Kit
NextSeq Reagent Kits v2

 
Wydarzenia
Dzień Aplikacyjny Illumina, 24.06.2015
Tematy webinarów on-line
Kalendarz konferencji
W maju 2015 ukazała się publikacja autorstwa genetyków i pediatrów z Tokijskich ośrodków badawczych, opisująca mikroewolucję Helicobacter pylori zachodzącą w trakcie zasiedlania przewodu pokarmowego kolejnych gospodarzy ludzkich.
Infekcja często następuje w wieku dziecięcym. Bakteria bytuje w żołądku człowieka przez szereg lat, a konsekwencją tego zakażenia mogą być m.in. zapalenie błony śluzowej, wrzody czy zmiany nowotworowe w obrębie tkanek żołądka. Mikrobiolodzy zastanawiają się nad przyczynami szerzenia się zakażenia tym drobnoustrojem i pracują nad optymalnym celem terapeutycznym, Wiadomym jest, że H. Pylori ma ogromne zdolności adaptacyjne, dzięki „plastyczności” genomu i bardzo szybko przystosowuje się do warunków panujących w organizmie każdego kolejnego gospodarza.
W celu przyjrzenia się ewolucji adaptacyjnej H. pylori, która zachodzi podczas zasiedlania przez bakterię organizmu kolejnego gospodarza japońscy badacze posłużyli się techniką sekwencjonowania całych genomów bakteryjnych. Do analizy wybrano izolaty RNA uzyskane z blisko spokrewnionych szczepów H. pylori bytujących w żołądkach członków rodzin (rodziców i ich dzieci). Biorąc pod uwagę kolejność infekcji bakterią obserwowanych u poszczególnych członków rodziny, badacze analizowali pojawianie się mutacji niesynonimicznych w genomie bakterii.
Zidentyfikowano szereg mutacji w genach związanych z wirulencją (cag, vacA, hcpDX, tnfα, ggt, htrA, gen kolagenazy), genach kodujących białko zewnątrzbłonowe OMP i  białka związane z powierzchnią komórki oraz w genach regulujących procesy restrykcji-modyfikacji. Wydaje się, że mutacje zachodzące w tej ostatniej grupie genów mogą być przyczyną takich zmian w metylomie i transkryptomie bakterii, które ułatwiają jej adaptację do środowiska panującego w organizmie nowego gospodarza.
 
Źródło: Pubmed – PMID: 25978460
 
Charakterystyka szczepów prątków trądu, które powodowały epidemie w XVIII wieku w Europie
 
Polecamy także lekturę opublikowanego w kwietniu 2015 doniesienia w Nature Communications, opisującego wyniki sekwencjonowania i analizy materiału genetycznego
prątków trądu, pozyskanego ze szczątków 26 osób (mumie z kościoła w Vac, Węgry), które były ofiarami panującej w Europie na przełomie XVIII i XIX w. epidemii gruźlicy. Zespół badaczy w Wielkiej Brytanii, Węgier i Izraela posługując się nowoczesnymi technikami biologii molekularnej i wykorzystując odpowiednie algorytmy bioinformatyczne precyzyjnie charakteryzuje kopalne próbki prątka trądu wskazując na pochodzenie szczepów będących przyczyną choroby i zgonu osób zmarłych, których szczątki badano. Autorzy pracy zaznaczają, że pomimo pewnych zmian ewolucyjnych te same szczepy bakterii od stuleci powodują gruźlicę w Europie i na świecie i wbrew pozorom zagrożenie wybuchem kolejnej epidemii nie jest małe. Kay i współpracownicy twierdzą, że współczesne techniki analiz metagenomicznych będą pomocne w diagnozowaniu współczesnych zakażeń prątkiem trądu oraz pomogą lepiej kontrolować ich rozprzestrzenianie.

Źródło: Pubmed - PMID:  25848958
https://budapeszter.wordpress.com/2015/04/08/mumie-z-vacu/
Precyzyjny opis transkryptomu oraz analiza aktywnego transkrypcyjnie mRNA drożdży Schizosaccharomyces pombe
 
Badacze z Zakładu Biochemii Uniwersytetu Cambridge przeanalizowali ekspresję genów oraz opisali pojawianie się określonych typów cząsteczek niekodującego RNA w komórkach Schizosaccharomyces pombe, które przechodzą podział mejotyczny. Doświadczenia uwzględniały etap hodowli w specyficznych warunkach mających na celu wywołanie mejozy i sporulacji drożdży, wzbogacenie próby RNA we frakcje aktywnego transkrypcyjnie mRNA (osadzonego w momencie izolacji na rybosomach) oraz sekwencjonowanie tak pozyskanych cząsteczek metodą sekwencjonowania następnej generacji z wykorzystaniem wysokoprzepustowej platformy NGS. Publikacja, która ukazała się w czerwcu 2014 na łamach Nature Structural and Molecular Biology pozwoliła na wskazanie szeregu czynników transkrypcyjnych oraz cząsteczek niekodującego RNA, które precyzyjnie regulują ścieżki przekazywania sygnałów w komórkach w procesie mejozy. Opisane wyniki analiz są nieocenionym źródłem wiedzy na temat funkcjonowania komórek tego konkretnego gatunku. Jednocześnie wspomniana publikacja wytycza nową ścieżkę postępowania na potrzeby pogłębionej analizy transktyptomicznej komórek organizmów eukariotycznych.

Źródło: Pubmed - PMID:  24929437
Informacje od partnerów OpenExome
Edvotek
Przygotuj pasjonujące lekcje nauk przyrodniczych
Mamy przyjemność przedstawić Państwu Edvotek firmę, która w ubiegłym miesiącu  dołączyła do grona dostawców OpenExome. Edvotek to pomysłodawca wyjaśniania dzieciom, młodzieży i wszystkim pasjonatom nauk biologicznych procesów i technik wykorzystywanych w biotechnologii. Założyciele firmy promują aktywny sposób nauki  i zachęcają do urozmaicania lekcji, wykładów praktycznym działaniem, czyli wspólnym przeprowadzaniem doświadczeń naukowych. Edvotek rozpoczął działalność w Stanach Zjednoczonych w 1987 roku i od tego czasu dostarcza coraz większa gamę produktów pozwalających na przeprowadzenie zaawansowanych doświadczeń naukowych w warunkach np. klasy szkolnej lub sali seminaryjnej oraz wyjaśniania procesów biologicznych i chemicznych w przystępny i ciekawy sposób.


Oferta Edvotek adresowana jest przede wszystkim do nauczycieli, wykładowców, animatorów kół zainteresowań oraz organizatorów dni popularyzacji nauki. Producent dostarcza gotowe do użycia kompletne zestawy do przeprowadzenia pokazowych doświadczeń na następujące tematy:
  • Wprowadzenie do biotechnologii
  • Biotechnologia dla zaawansowanych
  • Odkrywanie elektroforezy i jej zastosowania
  • Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR)
  • Wprowadzenie do RNA
  • Medycyna Sądowa
  • Inżynieria genetyczna i transformacja
  • Immunologia
  • Nauki biomedyczne
  • Biologia roślin
  • Ochrona i monitorowanie środowiskaBiałka, enzymy i chromatografia
Illumina
NeoPrep, czyli automatyzacja procesu przygotowania bibliotek NGS
Wszyscy, których nuży proces przygotowania bibliotek NGS od kilku tygodni mają powód do zadowolenia. Illumina wprowadziła bowiem na rynek urządzenie NeoPrep. Jest to zautomatyzowana wykorzystująca nanoprzepływowe chipy platforma służąca do równoległego przygotowania kilkunastu bibliotek do sekwencjonowania. Praca z NeoPrep w porównaniu do manualnego przygotowania próbki do sekwencjonowania pozwala na:
  • zmniejszenie ilości wyjściowego materiału DNA lub RNA do zaledwie 25 -100 ng
  • minimalizację etapów wymagających manualnego pipetowania przez użytkownika z kilkudziesięciu do zaledwie kilku
  • skrócenie aktywnego nakładu pracy badacza z 4,5 godziny do 30 minut
  • przeprowadzenie etapu normalizacji bibliotek w sposób zautomatyzowany

System do automatycznego przygotowania bibliotek NeoPrep może pracować jako niezależne urządzenie lub może być programowany i monitorowany z poziomu serwera BaseSpace współpracującego z danym sekwenatorem.

Wraz z premierą NeoPrep producent udostępnił dwa nowe formaty zestawów odczynników do przygotowania bibliotek: TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit for NeoPrep oraz TruSeq Nano DNA Library Prep Kit for NeoPrep. Niebawem paleta tej serii zestawów zostanie rozbudowana.

Zachęcamy do obejrzenia krótkiego filmu przedstawiającego NeoPrep oraz do zapoznania się z opisem technicznym aparatu na stronie internetowej producenta.




 
TruSight Cardio Sequencing Kit – nowy panel genowy
 
Myśląc o kosztowo ekonomicznej i szerokiej diagnostyce genetycznej pod kątem zaburzeń kardiologicznych należy sięgnąć po najnowszy panel genowy Trusight Cardio. Zawarty w nim zestaw odczynników pozwoli na przygotowanie biblioteki do sekwencjonowania wzbogaconej w sekwencje 174 genów opisywanych jako ściśle związane z dziedzicznymi chorobami kardiologicznymi. Pełna lista genów uwzględnionych w omawianym panelu genowym dostępna jest tutaj. Poniżej przedstawiono zestawienie jednostek chorobowych, które mogą być diagnozowane przy wykorzystaniu TruSight Cardio Sequencing Kit.

Do przeprowadzenia badania potrzebne jest zaledwie 50 ng genomowego DNA pacjenta. Zależnie od dostępnego typu sekwenatora, w jednym cyklu pracy urządzenia można przeprowadzić analizę dla kilkunastu (MiSeq) lub kilkudziesięciu (NextSeq500) próbek/pacjentów.

Więcej szczegółowych informacji o TruSight Cardio podano na stronie producenta.

 
NextSeq Reagent Kits v2

 
Użytkowników sekwenatorów NextSeq500 informujemy, że w sprzedaży dostępna jest już najnowsza wersja odczynników do zasadniczej reakcji sekwencjonowania. Grupa produktów o nazwie NextSeq 500 v2 Kits zapewnia jeszcze wyższą jakość uzyskiwanych danych, najwyższą wydajność bezbłędnych odczytów. Najnowsza seria odczynników do NextSeq zapewnia bardziej wydajny odczyt sygnałów fluorescencyjnych z powierzchni flow cell, dzięki obniżeniu wartości współczynnika sygnał/szum tła.
Poniżej przedstawiono typu kartridży, które sugerowane są do określonego rodzaju bibliotek NGS:

                                 1.Whole Transcriptome,  mRNA-Seq lub Exome

                                    FC-404-2001 NextSeq 500 Mid Output v2 Kit (150 cycles)
                                           FC-404-2002 NextSeq 500 High Output v2 Kit (150 cycles)


                                 2.Whole Genome, de novo sequencing oraz Exome

                                    FC-404-2004 NextSeq500 High Output v2 Kit (300 cycles)

                                 3.Targeted Panels lub Exome

                                    FC-404-2003 NextSeq 500 Mid Output v2 Kit (300 cycles)

                                 4.Gene Expression Profiling oraz NIPT

                                    FC-404-2005 NextSeq500 High Output v2 Kit (75 cycles)

 
Multiplicom
QC Plex Kit - szybka i wiarygodna metoda oceny jakości preparatów DNA pozyskiwanych ze skrawków patologicznych
 
Jakość wyjściowego materiału pobranego do analiz klinicznych niejednokrotnie przesądza o  powodzeniu całej serii testów genetycznych. Badacze i klinicyści, pracujący z próbami DNA pozyskiwanymi z „trudnych” źródeł takich jak fragmenty tkanek utrwalanych z wykorzystaniem formaliny i parafiny czy prób śliny potrzebują ocenić jakość otrzymanych ekstraktów jeszcze przed przystąpieniem do zaawansowanych analiz genetycznych. Takie podejście pozwala odrzucić próby o bardzo niskiej jakości (w których obserwuje się silną degradację lub skrajnie niskie stężenie DNA), a tym samym zapewnia ekonomiczne zużywanie odczynników potrzebnych do właściwych testów genetycznych.

W przypadku pracy z materiałem klinicznym, poniższe aspekty utrudniają analizy molekularne:
  • własności formaliny mogą prowadzić do sieciowania DNA oraz degradacji DNA,
  • podczas utrwalania preparatów tkanek stosowane są odczynniki zawierające składowe, które hamują działanie enzymów (polimerazy) i zaburzają przebieg reakcji PCR
  • stężenie DNA pozyskiwanego z preparatów FFPE nigdy nie jest wysokie.
Dogodnym narzędziem do weryfikacji jakości preparatu DNA wydaje zestaw odczynników o nazwie QC Plex (Multiplicom). Jest to szybki test PCR typu multipleks przeznaczony do jakościowej i ilościowej oceny ludzkiego DNA. Test wykorzystuje zasadę PCR typu multipleks z użyciem standardowego protokołu PCR.

Spodziewane produkty końcowe reakcji multipleks dla QC Plex Kit to 7 fragmentów PCR o różnych długościach, z których 6 (o długościach kolejno 100, 200, 300, 400, 600 i 700 bp) służy do bezpośredniej oceny integralności DNA, a siódmy powstający fragment DNA (o długości 150 bp) stanowi wewnętrzną pozytywną kontrolę QCPlex i informuje o ewentualnej obecności inhibitorów polimerazy.

Produkty reakcji QCplex są następnie oceniane na podstawie obrazu elektroforetycznego lub wyników uzyskanych w aparacie do mikrofluidycznej elektroforezy kwasów nukleinowych (np. Bioanalyzer, Agilent Technologies; LabChip GX, Perkin Elmer ; QIAxcel, Qiagen czy Experion, BioRad).


Dane uzyskane podczas rozdziału elektroforetycznego są wykorzystywane do obliczenia współczynnika jakości DNA (tzw. współczynnik  DQC ). Na podstawie wartości DQC podanej dla każdej z próbek DNA w raporcie końcowym przygotowanym przez DCQ Calculator (narzędzia dostępnego on-line) użytkownik otrzyma tabelę z krótkim opisem jakości prób oraz z sugestiami jaka będzie optymalna objętość danej próbki do przygotowania reakcji PCR na potrzeby przygotowania biblioteki NGS i analizy danego panelu genowego.

Przykładowy raport DQC z analizy jakości próbki DNA – do pobrania tutaj

Więcej informacji znajdziecie Państwo w ulotce przygotowanej przez producenta
 
 
Przypominamy o terminach zbliżających się ...
...Dniach Aplikacyjnych Illumina
24 czerwca w Warszawie po raz kolejny spotkają się początkujący i zaawansowani użytkownicy systemów MiSeq, NextSeq, HiSeq, HiScanSQ oraz iScan. Okazją do wymiany doświadczeń będzie kolejna edycja Dni Aplikacyjnych współorganizowana przez firmy Analityk, Illumina i OpenExome. Tym razem tematem przewodnim będą rozwiązania NGS w diagnostyce onkologicznej oraz badaniach związanych z nowotworzeniem. Szczegółowe informacje wraz z programem otrzymają Państwo wkrótce drogą mailową.
 
... seminariów on-line (tzw. webinars) prowadzonych przez specjalistów aplikacyjnych firmy Illumina
Illumina prowadzi szkolenia on-line dotyczące prowadzenia badań z wykorzystaniem technologii sekwencjonowania następnej generacji.

W czerwcu eksperci zespołu Illumina Technical Support omówią następujące tematy:
  • Introduction to BaseSpace – podstawowe informacje dotyczące funkcjonalności oprogramowania BaseSpace oraz przewodnik użytkownika, 9 czerwca oraz 30 czerwca 2015
  • Introduction to HiSeq3000/4000 – omówienie zasady działania aparatów oraz praktyczna instrukcja obsługi dla użytkowników sekwenatorów HiSeq3000/4000,  11 czerwca 2015
  • Library QC with the BioAnalyzer –  informacje na temat właściwego przeprowadzenie kontrola jakości bibliotek NGS z wykorzystaniem urządzenia Bioanalyzer, 18 czerwca 2015
  • Introduction to Key Concepts in Illumina Sequencing Data Analysis – seminarium dotyczące podstaw technologii NGS w trakcie którego zostaną omówione takie zastosowania jak sekwencjonowanie DNA de novo, poszukiwanie SNP oraz sekwencjonowanie RNA, 23 czerwca 2015
  • MiSeq Troubleshooting Toolkit, czyli jak poradzić sobie w niespodziewanymi sytuacjami podczas przebiegu reakcji w aparacie MiSeq, 30 czerwca 2015.
Uczestnictwo w seminariach (webinarach) Illumina wymaga dostępu do internetu oraz aktywnego połączenia telefonicznego (połączenie bezpłatne). Aby wziąć udział w danym seminarium należy dokonać uprzedniej rejestracji drogą elektroniczną. Kompletną listę seminariów oraz linki rejestracyjne znajdziecie Państwo na stronach www OpenExome oraz Illumina:

http://support.illumina.com/training/sequencing.ilmn
      
Seminaria on-line, które cieszyły się szczególnym zainteresowaniem są dostępne w formie zarejestrowanych nagrań na stronie internetowej Illumina:

http://support.illumina.com/training/webinars/sequencing/sequencing-archive.html
http://support.illumina.com/training/webinars/array/array-archive.html


 
...nowych kursów Illumina
 
Zachęcamy do zapoznania się z nowymi kursami on-line (pokaz slajdów z komentarzem lektora) dotyczących oprogramowania oferowanego i sugerowanego przez Illumina do pracy z:
a) panelami genowymi projektowanymi przez badacza
„DesignStudio: TruSeq Custom Amplicon”

http://support.illumina.com/training/online-courses/sequencing.html

b) panelem Genowym do oznaczania antygenów zgodności tkankowej
“Conexio Assign for TruSight HLA – Essentials”

http://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/courses/trusight-hla-conexio-software/story_html5.html

“Conexio Assign for TruSight HLA – Advanced”
http://support.illumina.com/content/dam/illumina-support/courses/trusight-hla-conexio-advanced/story_html5.html

c) oraz o aplikacji BaseSpace dedykowanej do pracy z wynikami sekwencjonowania NGS
„BaseSpace – Frequently Asked Questions”

http://support.illumina.com/training/online-courses/sequencing.html

 
... konferencji i sympozjów w Polsce:
ICAR2015 Technical Workshop.
Kraków, 10-12.06.2015
http://www.icar2015.pl/program
Biotechnologia i dobrostan w hodowli zwierząt.
Kraków, 15-16.06.2015
http://konferencje.whibz.ur.krakow.pl/konferencja-WHIBZ.html
6th International Weigl Conference on Microbiology.  
Gdańsk, 08-10.07.2015
http://weiglconference.edu.pl/
ISFG — 26th Congress of the International Society for Forensic Genetics
Kraków, 31.08-05.09.2015
http://isfg2015.org/
ISOBM 2015 - 42th Congress of the International Society of Oncology and Biomarkers.
Zakopane, 3-7.10.2015
http://www.isobm-congress.org/
Mikrobiologia w Medycynie, Przemyśle i Ochronie Środowiska.
Łódź, 24-25.10.2015
http://www.mikrostudent.pl/

 
... konferencji zagranicznych:
Chromatin and epigenetics - EMBO Conference
Heidelberg, 06-10.05.2015
http://www.embl.de/training/events/2015/CHR15-01/index.html
European Human Genetic Conference, ESHG 2015
Glasgow, 06-09.06.2015
https://www.eshg.org/eshg2015.0.html
International Conference on Structural Genomics 2015. 
Rehovot, Izrael. 07-11.06.2015
http://wws.weizmann.ac.il/conferences/ICSG2015/program
23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and the 14th European Conference on Computational Biology.
Dublin, 10-14.06.2015
http://www.iscb.org/ismbeccb2015
3rd Next Generation Sequencing Data Congress 2015. 
Londyn, 15-16.06.2015
http://www.nextgenerationsequencingdata-congress.com/
Festival of Genomics.  
Boston, 24-25.06. 2015
link
EUSTM 2015
3rd Annual Congress of the European Society of Translational Medicine.
Wiedeń, 01-04.09.2015
http://www.eutranslationalmedicine.org/eustm-2015
ACM-BCB 2015, ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics
Atlanta, GA, 09-12.09.2015
http://bigls.org/
Komentarze i opinie czytelników newslettera
Drodzy Czytelnicy! Będziemy wdzięczni jeśli zechcecie podzielić się z nami swoimi opiniami dotyczącymi newslettera OpenExome. Jeśli nasuwają się Państwu komentarze na temat treści kolejnych wydań newslettera lub sugestie tematów, które warto poruszyć w tym periodyku, prosimy o przesyłanie ich na adres: community@openexome.pl.
OpenExome s.c. | ul. Schroegera 82 | 01-828 Warszawa | (+48) 22 465 25 27 | community@openexome.pl
Zrezygnuj z otrzymywania wiadomości